GCTA를 사용하여 GRM을 만들려고 합니다.https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#MakingaGRM.
저는 약 10,000명의 유전적 .bim .bed .fam 스타일 데이터를 가지고 작업하고 있습니다. GRM을 만드는 데 사용되는 ID가 포함된 .txt 파일이 있습니다. 다음은 파일 상단의 예입니다.
184756782736_R06C02
847590372877_R03C02
758697857466_R03C02
102938475999_R05C01
176766475869_R08C02
398987586666_R06C02
나는 그것들을 열의 목록으로 정렬하려고 시도했지만 공백과 탭으로 구분하기도 했습니다. 내 코드는 [여기서 data = data.fam이고 file.txt는 유지/보존할 ID의 .txt 파일입니다]:
gcta64 --bfile /data --keep file.txt --maf 0.01 --make-grm --out out_file
그러나 코드를 실행하면 오류가 발생합니다.
Error: the subject list file [file.txt], line 1 has elements less than 2
주제 목록 파일은 ID가 [file.txt]인 파일이라고 가정합니다.
이것은 내가 올바른 방법을 사용하고 있음을 의미하므로 이것이 데이터/Linux 문제임에 틀림없다고 가정합니까? https://cnsgenomics.com/data/teaching/STAT7306/2019/Practical/Practical_partF.pdf
구글링해보니 아무 것도 나오지 않더군요.
누구든지 어떤 제안이 있습니까? 매우 감사합니다.