Unix 명령을 사용하여 소문자 시퀀스(a,t,c,g)를 "-"로 변환하고 싶습니다. 그러나 파일을 제자리에 저장하지 않았습니다. 대신 오류를 표시하고 터미널에서 "-i" 출력을 제거하지만 파일에서는 아무 것도 변경하지 않습니다. 그러나 터미널에는 다음 코드의 원하는 결과가 출력되지만 파일은 변경되지 않습니다. 헤더 정보 뒤에 시퀀스 쌍이 오는 것을 볼 수 있습니다. 헤더 정보는 동일하게 유지하면서 시퀀스 쌍만 변경하고 싶습니다. 이 파일의 성격은 다음과 같습니다.
0 chr1 11680 11871 chr6 28206109 28206336 - 4581
ctggagattctta-ttagtgatttgggctggggcc-tggccatgtgtattttttta-aatttccactgatgattttgctgcatggccggtgttgagaatgactgCG-CAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCAC----------------------------------------------CATTTTTCTTTTCGTT
-TAGGGAGTCTTAGTCAAAGGTTTGGACCAAGTCCCTGGCCATGCAGATCTTTGTAGAATCTCCACTCGTGACTTTCCTGCATAACCAGAGTTGAGCATCTTTGAGTCAAGTGTGCCA-ACTTTCTTTGCTGTT-------------TAAATAAGGATGCCAACACCGCATGTCATTAACAGTCTCGTAGGTTGATTGATTTGTTGGCTGGCTCAAAAATGAGAGTTATTTTTCATTTTGTT
1 chr1 11872 12139 chr6 28206484 28206708 - 4257
AACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTCATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCAT-TGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCT
AGTTTTCTGTCTGCTAATT-TGCCACCAGTCATTTCCTATTACGTGTGTCTGCTGCCTCCTAGCCCAGGCT-----TGCCCTTCCTCCC--TCTTCTGAGGTGTCATAGGGTCGTGAC--------------------TTACCTGGTTTGGGGGAGTAGTTGG---------------AAGCTGAGTGA-GTGGTGGGGTTTTCTTATGCTAAAGACCTGCGTCCAGTATAGGAAGAGCCATGTGCCTCCACTCTGGCCCTTGTGGTCT
2 chr1 12177 12259 chr17 66149263 66149338 + 3811
GATTGGAGGAAAGATGAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTGTGCTCATCTCCTTGGCTG
GGTTGGAGGGAAGATGAGTGAAGGGATCAATTTCTCTGATGACCTGGGCCGGTAGG-------TGTGGTGTCCTCTTTGTCTG
원하는 출력:
0 chr1 11680 11871 chr6 28206109 28206336 - 4581
---------------------------------------------------------------------------------------------------------CG-CAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCAC----------------------------------------------CATTTTTCTTTTCGTT
-TAGGGAGTCTTAGTCAAAGGTTTGGACCAAGTCCCTGGCCATGCAGATCTTTGTAGAATCTCCACTCGTGACTTTCCTGCATAACCAGAGTTGAGCATCTTTGAGTCAAGTGTGCCA-ACTTTCTTTGCTGTT-------------TAAATAAGGATGCCAACACCGCATGTCATTAACAGTCTCGTAGGTTGATTGATTTGTTGGCTGGCTCAAAAATGAGAGTTATTTTTCATTTTGTT
1 chr1 11872 12139 chr6 28206484 28206708 - 4257
AACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTCATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCAT-TGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCT
AGTTTTCTGTCTGCTAATT-TGCCACCAGTCATTTCCTATTACGTGTGTCTGCTGCCTCCTAGCCCAGGCT-----TGCCCTTCCTCCC--TCTTCTGAGGTGTCATAGGGTCGTGAC--------------------TTACCTGGTTTGGGGGAGTAGTTGG---------------AAGCTGAGTGA-GTGGTGGGGTTTTCTTATGCTAAAGACCTGCGTCCAGTATAGGAAGAGCCATGTGCCTCCACTCTGGCCCTTGTGGTCT
2 chr1 12177 12259 chr17 66149263 66149338 + 3811
GATTGGAGGAAAGATGAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTGTGCTCATCTCCTTGGCTG
GGTTGGAGGGAAGATGAGTGAAGGGATCAATTTCTCTGATGACCTGGGCCGGTAGG-------TGTGGTGTCCTCTTTGTCTG
#for even lines
sed -n 2~2p h.txt| sed 's/a/-/g' | sed 's/t/-/g' | sed 's/c/-/g' | sed 's/g/-/g'
#for odd lines
sed -n 1~2p h.txt| sed -n 2~2p | sed 's/a/-/g'| sed 's/t/-/g' | sed 's/c/-/g' | sed 's/g/-/g'
답변1
현재 줄 번호를 보유하는 특수 변수가 perl있기 때문에 이것을 사용하겠습니다 . $.따라서 $.모듈로 2가 0( if $. % 2 == 0) 이면 or a의 모든 발생을 t다음으로 변경합니다.cg-
$ perl -pe 's/[actg]/-/g if $. % 2 == 0' file
0 chr1 11680 11871 chr6 28206109 28206336 - 4581
--------------------------------------------------------------------------------------------------------CG-CAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCAC----------------------------------------------CATTTTTCTTTTCGTT
cTAGGGAGTCTTAGTCAAAGGTTTGGACCAAGTCCCTGGCCATGCAGATCTTTGTAGAATCTCCACTCGTGACTTTCCTGCATAACCAGAGTTGAGCATCTTTGAGTCAAGTGTGCCA-ACTTTCTTTGCTGTT-------------TAAATAAGGATGCCAACACCGCATGTCATTAACAGTCTCGTAGGTTGATTGATTTGTTGGCTGGCTCAAAAATGAGAGTTATTTTTCATTTTGTT
1 chr1 11872 12139 chr6 28206484 28206708 - 4257
AACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTCATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCAT-TGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCT
AGTTTTCTGTCTGCTAATT-TGCCACCAGTCATTTCCTATTACGTGTGTCTGCTGCCTCCTAGCCCAGGCT-----TGCCCTTCCTCCC--TCTTCTGAGGTGTCATAGGGTCGTGAC--------------------TTACCTGGTTTGGGGGAGTAGTTGG---------------AAGCTGAGTGA-GTGGTGGGGTTTTCTTATGCTAAAGACCTGCGTCCAGTATAGGAAGAGCCATGTGCCTCCACTCTGGCCCTTGTGGTCT
2 chr1 12177 12259 chr17 66149263 66149338 + 3811
GATTGGAGGAAAGATGAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTGTGCTCATCTCCTTGGCTG
GGTTGGAGGGAAGATGAGTGAAGGGATCAATTTCTCTGATGACCTGGGCCGGTAGG-------TGTGGTGTCCTCTTTGTCTG
원본 파일을 변경하려면 다음을 사용하세요 -i.
perl -i -pe 's/[actg]/-/g if $. % 2 == 0' file
그러나 실제로는 짝수 선만 원하는 것은 아니라고 생각합니다. 시퀀스 라인의 소문자 잔여물을 대시로 변경하려는 것 같습니다. 그렇다면 공백이 포함되지 않은 줄에 집중하여 변경할 수 있습니다.
$ perl -pe 's/[actg]/-/g if !/ /' file
0 chr1 11680 11871 chr6 28206109 28206336 - 4581
--------------------------------------------------------------------------------------------------------CG-CAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCAC----------------------------------------------CATTTTTCTTTTCGTT
-TAGGGAGTCTTAGTCAAAGGTTTGGACCAAGTCCCTGGCCATGCAGATCTTTGTAGAATCTCCACTCGTGACTTTCCTGCATAACCAGAGTTGAGCATCTTTGAGTCAAGTGTGCCA-ACTTTCTTTGCTGTT-------------TAAATAAGGATGCCAACACCGCATGTCATTAACAGTCTCGTAGGTTGATTGATTTGTTGGCTGGCTCAAAAATGAGAGTTATTTTTCATTTTGTT
1 chr1 11872 12139 chr6 28206484 28206708 - 4257
AACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTCATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCAT-TGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCT
AGTTTTCTGTCTGCTAATT-TGCCACCAGTCATTTCCTATTACGTGTGTCTGCTGCCTCCTAGCCCAGGCT-----TGCCCTTCCTCCC--TCTTCTGAGGTGTCATAGGGTCGTGAC--------------------TTACCTGGTTTGGGGGAGTAGTTGG---------------AAGCTGAGTGA-GTGGTGGGGTTTTCTTATGCTAAAGACCTGCGTCCAGTATAGGAAGAGCCATGTGCCTCCACTCTGGCCCTTGTGGTCT
2 chr1 12177 12259 chr17 66149263 66149338 + 3811
GATTGGAGGAAAGATGAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTGTGCTCATCTCCTTGGCTG
GGTTGGAGGGAAGATGAGTGAAGGGATCAATTTCTCTGATGACCTGGGCCGGTAGG-------TGTGGTGTCCTCTTTGTCTG
다시 표준 출력으로 인쇄하는 대신 원본 파일을 수정하려면 다음을 사용하십시오 -i.
perl -i -pe 's/[actg]/-/g if !/ /' file
답변2
짝수/홀수를 어떻게 설명해야 할지 모르겠어서 알아냈습니다.
sed '/[^acgtACGT-]/!s/[acgt]/-/g' file
a, c, g, t, A, C, G, T 또는 "-" 이외의 문자가 포함된 줄은 변경되지 않고 인쇄됩니다. 나머지 줄은 모두 소문자를 "-"로 대체하고 임시 파일로 리디렉션된 다음 원본 파일을 덮어씁니다.
답변3
기본적으로 a,t,c,g를 사용하여 한 줄에 -를 사용할 수 있습니다.
sed -i 's/[atcg]/-/g' FILE
물론 이렇게 하면 모든 줄이 변경됩니다. 이를 적용할 위치를 선택해야 합니다. 일반적으로 일종의 패턴 일치를 사용하여 이 작업을 수행하는 것이 가장 좋지만 행 번호를 기반으로 수행해야 한다면 먼저 작성하는 다음 명령의 기능을 이해해야 합니다.
sed -n 1~2p h.txt| sed -n 2~2p ...
이는 실제로 세 번째 숫자부터 시작하여 네 번째 단계마다 인쇄하며 다음과 같이 바꿀 수 있습니다 3~4.
따라서 다음을 결합하십시오.
sed -i '2~2s/[atcg]/-/g; 3~4s/[atcg]/-/g' FILE
그건 그렇고, 2~2이것은 네 번째 행마다 비어 있기 때문에 이 경우에만 작동합니다. 이 경우 2~4빈 줄을 조작하지 않고도 실제로 로 바꿀 수 있습니다.
그러나 어쨌든 대부분의 사람들은 패턴 매칭을 통해 "제목" 줄과 "제목 없는" 줄을 구별하는 것입니다. 예를 들어 모든 헤더 행(및오직헤더 행)은 숫자로 시작하므로 다음과 같이 무시할 수 있습니다.
sed -i '/^[0-9]/! s/[atcg]/-/g' FILE