두 개의 vcf 파일이 있습니다. 하나는 TP53 돌연변이가 있는 샘플을 포함하고 다른 하나는 TP53 돌연변이가 없는 샘플을 포함합니다. 돌연변이가 없는 vcf가 대조군이고, 돌연변이가 있는 vcf가 조건입니다. plink 1.9.0의 --assoc 함수로 처리할 수 있는 파일로 이 두 파일을 결합하려면 어떻게 해야 합니까?
답변1
당신이 원하는 것이 무엇인지 잘 모르겠지만 필요한 것은 두 파일을 병합하는 것입니다. tabix를 사용하여 색인을 생성한 후 다음을 시도해 보세요.
bcftools merge file1.vcf.gz file2.vcf.gz -o merged_files.vcf.gz
그런 다음 시도해 보겠습니다.
plink --vcf merged_files.vcf.gz --assoc [params]
이것이 귀하의 질문에 대한 답변이 되지 않으면 입력이 무엇인지, 출력 VCF가 어떤 모습이어야 하는지 간략하게 설명해보세요.