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sed 명령줄을 사용하여 열에서 패턴을 제거하는 방법은 무엇입니까?

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sed 명령줄을 사용하여 열에서 패턴을 제거하는 방법은 무엇입니까?

아래와 같은 테이블이 있습니다.

"baseMean"  "log2FoldChange"    "lfcSE" "stat"  "pvalue"    "padj"
"ENSG00000000003.14"    11.3434183210348    0.753849141787545   0.682104979689654   1.10518052826785    0.269081372382168   0.999928163137131
"ENSG00000000419.12"    793.733816508413    -0.256066185652526  0.133681398896401   -1.91549600592503   0.0554292780227467  0.863889514659372
"ENSG00000000457.13"    948.240987147508    -0.088027064401221  0.0869481579436567  -1.01240861776811   0.3113427195966

.X첫 번째 열의 따옴표와 패턴을 제거하고 싶습니다. 내 말은 이것이다:

"baseMean"  "log2FoldChange"    "lfcSE" "stat"  "pvalue"    "padj"
ENSG00000000003 11.3434183210348    0.753849141787545   0.682104979689654   1.10518052826785    0.269081372382168   0.999928163137131
ENSG00000000419 793.733816508413    -0.256066185652526  0.133681398896401   -1.91549600592503   0.0554292780227467  0.863889514659372
ENSG00000000457 948.240987147508    -0.088027064401221  0.0869481579436567  -1.01240861776811   0.3113427195966

이런 경우 sed나 다른 수단을 사용하여 어떻게 명령줄을 작성할 수 있나요?

답변1

사용 sed:

$ echo \"ENSG00000009694.13\" 3.25851232080741 0.670268379884225 | sed -E "s|\"(.+?)\.[0-9]*\"|\1|g"
ENSG00000009694 3.25851232080741 0.670268379884225

나는 당신이 다루고 있는 것이 거대한 로그 파일이라고 생각합니다. 이 경우 다음을 사용할 수 있습니다.

$ sed -E "s|\"(.+?)\.[0-9]*\"|\1|g" your_file.txt
"baseMean"  "log2FoldChange"    "lfcSE" "stat"  "pvalue"    "padj"
ENSG00000000003    11.3434183210348    0.753849141787545   0.682104979689654   1.10518052826785    0.269081372382168   0.999928163137131

sed결과를 인쇄 합니다 . "내부 모드"를 나타내기 위해 -i앞에 -E; 를 추가 할 수도 있으므로 sed가 파일을 직접 수정합니다.-i

설명하다:

저는 sed의 "찾기 및 바꾸기" 기능을 사용하고 있습니다. 기본 구문은 다음과 같습니다.

sed -E "s|p1|p2|g"

그런 다음 sed는 "확장 정규 표현식 패턴"을 의미하는 .을 대체하므로 복잡한 p1정규 표현식 이 될 수 있습니다.p2-Ep1

여기 내 꺼야 p1( (지금은 생략 ))

\".+?\.[0-9]*\"

~에

  • \"따옴표 일치,
  • \.[0-9]*Maces 패턴은 점으로 시작하고 그 뒤에 0부터 무한대까지의 숫자가 옵니다.
  • .+?그 사이에 어떤 패턴으로든 작업하세요.

then은 p2단순히 \1쌍의 첫 번째 문자열을 나타내는 a입니다. 완성된!()p1

답변2

awk 'NR>1{gsub(/\"/,"",$0);gsub(/\.[0-9]*/,"",$1)}1' filename

산출

"baseMean"  "log2FoldChange"    "lfcSE" "stat"  "pvalue"    "padj"
ENSG00000000003 11.3434183210348 0.753849141787545 0.682104979689654 1.10518052826785 0.269081372382168 0.999928163137131
ENSG00000000419 793.733816508413 -0.256066185652526 0.133681398896401 -1.91549600592503 0.0554292780227467 0.863889514659372
ENSG00000000457 948.240987147508 -0.088027064401221 0.0869481579436567 -1.01240861776811 0.3113427195966

답변3

$ sed 's/^"\(ENS[[:alnum:]]*\)\..*"/"\1"/' file
"baseMean"  "log2FoldChange"    "lfcSE" "stat"  "pvalue"    "padj"
"ENSG00000000003"    11.3434183210348    0.753849141787545   0.682104979689654   1.10518052826785    0.269081372382168   0.999928163137131
"ENSG00000000419"    793.733816508413    -0.256066185652526  0.133681398896401   -1.91549600592503   0.0554292780227467  0.863889514659372
"ENSG00000000457"    948.240987147508    -0.088027064401221  0.0869481579436567  -1.01240861776811   0.3113427195966

위 명령은 sed첫 번째 열의 Ensembl stable ID에서만 버전을 제거합니다. "ENS줄의 시작 부분을 일치시키고 그 뒤에 임의의 수의 영숫자 문자, 점 및 따옴표가 아닌 문자를 일치시켜 이를 수행합니다 . 점과 따옴표가 아닌 문자를 삭제하려면 대체를 사용하세요.

큰따옴표도 제거하려면 대체 텍스트를 에서 로 변경 "\1"하세요 \1.

안정적인 ID에 항상 버전이 첨부되어 있다고 확신하는 경우 점과 큰따옴표 사이의 첫 번째 하위 문자열만 제거하는 다음 표현식으로 단축할 수 있습니다.

$ sed 's/\..*"/"/' file
"baseMean"  "log2FoldChange"    "lfcSE" "stat"  "pvalue"    "padj"
"ENSG00000000003"    11.3434183210348    0.753849141787545   0.682104979689654   1.10518052826785    0.269081372382168   0.999928163137131
"ENSG00000000419"    793.733816508413    -0.256066185652526  0.133681398896401   -1.91549600592503   0.0554292780227467  0.863889514659372
"ENSG00000000457"    948.240987147508    -0.088027064401221  0.0869481579436567  -1.01240861776811   0.3113427195966

따옴표를 제거해야 합니까? 2,$ s/"//g예를 들어 표현식을 사용하여 제거할 수 있습니다.

sed -e 's/\..*"/"/' -e '2,$ s/"//g' file

또는 모든 것을 직접 전달하여 tr -d '"'모든 따옴표를 제거할 수 있습니다.

sed 's/\..*"/"/' file | tr -d '"'

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