Windows에서 Linux로 변경되는 파일 형식은 무엇입니까?

Windows 컴퓨터에서 Linux 서버로 .zip 파일을 전송하고 있습니다. 파일 내용이 변경되나요? 파일을 직접 변경하면 리눅스에서는 더 이상 사용할 수 없는 것이 윈도우와 리눅스의 차이 때문일까요?