첫 번째 열을 기반으로 행을 Grep

Question 1

^CC입력줄의 시작 부분이 아니고 앞에 공백이 있어서 작동하지 않습니다 . grep '^ C' "$1"당신이 원하는 것을해야합니다.

(그런데 를 grep | wc -l사용할 수 있습니다 grep -c. 아, 줄의 따옴표가 echo약간 이상합니다. 변수를 따옴표 안에 넣으면 됩니다.)

Answer

^CC입력줄의 시작 부분이 아니고 앞에 공백이 있어서 작동하지 않습니다 . grep '^ C' "$1"당신이 원하는 것을해야합니다.

(그런데 를 grep | wc -l사용할 수 있습니다 grep -c. 아, 줄의 따옴표가 echo약간 이상합니다. 변수를 따옴표 안에 넣으면 됩니다.)

Question 2

awk로 완전히 시도해 보세요. 예를 들어, 다음 스크립트는 두 개의 배열을 사용하여 atoms지정된 원자에 대한 각 입력 행을 기억하고 count각 원자에 대한 개수를 유지합니다. 전체 입력 파일을 읽고 나면 원하는 형식으로 데이터를 출력합니다.

/^ [[:alpha:]]/ {
  if (count[$1] == 0) {
    atoms[$1]=$0;
  } else {
    atoms[$1]=atoms[$1] "\n" $0;
  }
    count[$1]++
}

END {
  atypes = length(count);

  print "BASIS\nco2\n\n"

  print "Atomtypes=" atypes " Generators=0 Integrals=1.00D-15 Angstrom"

  print "Charge=6.0 Atoms=" count["C"]
  print atoms["C"]

  print "Charge=1.0 Atoms=" count["H"]
  print atoms["H"]

  if (count["O"] > 0) {
    print "Charge=8.0 Atoms=" count["O"]
    print atoms["O"]
  }
}

각 원자와 관련된 전하 조회 테이블이 있으면 크게 개선되어 일반 변환 스크립트로 바뀔 수 있지만 꼭 필요한 것은 아닙니다. 변환 유틸리티가 이미 존재합니다. obabel에서 호출 됩니다 .Open Babel: 오픈 소스 화학 도구 상자xyz프로젝트를 변환하고 다음 과 같은 여러 화학 파일 형식 간에 변환할 수 있습니다 dalmol.

obabel -i xyz input.xyz -o dalmol -O output.dalmol

olabel -L formats | less지원되는 형식의 전체 목록을 얻으려면 실행하세요 .

Debian 또는 Debian 파생 제품(예: Ubuntu, Mint 등)을 실행 중인 경우 설치할 수 있습니다 apt-get install openbabel. 포장 지침은 다음과 같습니다.

Package: openbabel
Version: 3.1.1+dfsg-6
Installed-Size: 630
Maintainer: Debichem Team <[email protected]>
Architecture: amd64
Depends: libc6 (>= 2.14), libgcc-s1 (>= 3.0), libopenbabel7 (>= 3.1.1+dfsg), libstdc++6 (>= 5.2)
Description-en: Chemical toolbox utilities (cli)
 Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of
 chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from
 molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related
 areas.  Features include:
 .
  * Hydrogen addition and deletion
  * Support for Molecular Mechanics
  * Support for SMARTS molecular matching syntax
  * Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity)
  * Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates
  * Gasteiger-Marsili partial charge calculation
 .
 File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL
 Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.
 .
 This package includes the following utilities:
  * obabel: Convert between various chemical file formats
  * obenergy: Calculate the energy for a molecule
  * obminimize: Optimize the geometry, minimize the energy for a molecule
  * obgrep: Molecular search program using SMARTS pattern
  * obgen: Generate 3D coordinates for a molecule
  * obprop: Print standard molecular properties
  * obfit: Superimpose two molecules based on a pattern
  * obrotamer: Generate conformer/rotamer coordinates
  * obconformer: Generate low-energy conformers
  * obchiral: Print molecular chirality information
  * obrotate: Rotate dihedral angle of molecules in batch mode
  * obprobe: Create electrostatic probe grid

Answer

awk로 완전히 시도해 보세요. 예를 들어, 다음 스크립트는 두 개의 배열을 사용하여 atoms지정된 원자에 대한 각 입력 행을 기억하고 count각 원자에 대한 개수를 유지합니다. 전체 입력 파일을 읽고 나면 원하는 형식으로 데이터를 출력합니다.

/^ [[:alpha:]]/ {
  if (count[$1] == 0) {
    atoms[$1]=$0;
  } else {
    atoms[$1]=atoms[$1] "\n" $0;
  }
    count[$1]++
}

END {
  atypes = length(count);

  print "BASIS\nco2\n\n"

  print "Atomtypes=" atypes " Generators=0 Integrals=1.00D-15 Angstrom"

  print "Charge=6.0 Atoms=" count["C"]
  print atoms["C"]

  print "Charge=1.0 Atoms=" count["H"]
  print atoms["H"]

  if (count["O"] > 0) {
    print "Charge=8.0 Atoms=" count["O"]
    print atoms["O"]
  }
}

각 원자와 관련된 전하 조회 테이블이 있으면 크게 개선되어 일반 변환 스크립트로 바뀔 수 있지만 꼭 필요한 것은 아닙니다. 변환 유틸리티가 이미 존재합니다. obabel에서 호출 됩니다 .Open Babel: 오픈 소스 화학 도구 상자xyz프로젝트를 변환하고 다음 과 같은 여러 화학 파일 형식 간에 변환할 수 있습니다 dalmol.

obabel -i xyz input.xyz -o dalmol -O output.dalmol

olabel -L formats | less지원되는 형식의 전체 목록을 얻으려면 실행하세요 .

Debian 또는 Debian 파생 제품(예: Ubuntu, Mint 등)을 실행 중인 경우 설치할 수 있습니다 apt-get install openbabel. 포장 지침은 다음과 같습니다.

Package: openbabel
Version: 3.1.1+dfsg-6
Installed-Size: 630
Maintainer: Debichem Team <[email protected]>
Architecture: amd64
Depends: libc6 (>= 2.14), libgcc-s1 (>= 3.0), libopenbabel7 (>= 3.1.1+dfsg), libstdc++6 (>= 5.2)
Description-en: Chemical toolbox utilities (cli)
 Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of
 chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from
 molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related
 areas.  Features include:
 .
  * Hydrogen addition and deletion
  * Support for Molecular Mechanics
  * Support for SMARTS molecular matching syntax
  * Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity)
  * Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates
  * Gasteiger-Marsili partial charge calculation
 .
 File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL
 Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.
 .
 This package includes the following utilities:
  * obabel: Convert between various chemical file formats
  * obenergy: Calculate the energy for a molecule
  * obminimize: Optimize the geometry, minimize the energy for a molecule
  * obgrep: Molecular search program using SMARTS pattern
  * obgen: Generate 3D coordinates for a molecule
  * obprop: Print standard molecular properties
  * obfit: Superimpose two molecules based on a pattern
  * obrotamer: Generate conformer/rotamer coordinates
  * obconformer: Generate low-energy conformers
  * obchiral: Print molecular chirality information
  * obrotate: Rotate dihedral angle of molecules in batch mode
  * obprobe: Create electrostatic probe grid

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