여러 파일의 특정 열을 결합하는 방법

Question 1

모든 Unix 시스템의 모든 쉘에서 awk를 사용하십시오.

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
(NR == FNR) || ($3 != "") {
    fnr2rec[FNR] = $0
}
FILENAME == ARGV[ARGC-1] {
    print fnr2rec[FNR]
}

$ awk -f tst.awk A.tsv B.tsv C.tsv
id      clade   mutation
243     40A     SDF
254     20B
261     40A     MGG
267     20B     SLT

Answer

모든 Unix 시스템의 모든 쉘에서 awk를 사용하십시오.

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
(NR == FNR) || ($3 != "") {
    fnr2rec[FNR] = $0
}
FILENAME == ARGV[ARGC-1] {
    print fnr2rec[FNR]
}

$ awk -f tst.awk A.tsv B.tsv C.tsv
id      clade   mutation
243     40A     SDF
254     20B
261     40A     MGG
267     20B     SLT

Question 2

그런 다음 다음을 사용하여 paste출력을 처리합니다 awk.

paste file[ABC].tsv |\
awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" } { for(i=3; i<=NF; i+=3) if($i"")break; print $1, $2, $i }'

사용되는 조건은 if($i"")breaknull이 아닌 첫 번째 필드가 발견되면 for 루프를 중단한 다음(awk가 문자열 비교를 수행하도록 하려면 큰따옴표를 사용함) 필드 #1, #2 및 이전에 발견된 null이 아닌 필드만 인쇄하는 것입니다. 필드 #i Pass에 있습니다.

Answer

그런 다음 다음을 사용하여 paste출력을 처리합니다 awk.

paste file[ABC].tsv |\
awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" } { for(i=3; i<=NF; i+=3) if($i"")break; print $1, $2, $i }'

사용되는 조건은 if($i"")breaknull이 아닌 첫 번째 필드가 발견되면 for 루프를 중단한 다음(awk가 문자열 비교를 수행하도록 하려면 큰따옴표를 사용함) 필드 #1, #2 및 이전에 발견된 null이 아닌 필드만 인쇄하는 것입니다. 필드 #i Pass에 있습니다.

Question 3

이것은 효과가 있을 것입니다(반대의 결과가 마음에 들지 않는다면).

[root@SE ~]# awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} { if($3>0) { print }}' A.tsv B.tsv C.tsv | sort -ru

나는 에 익숙하지 않기 때문에 아마도 이것을 달성하는 더 쉬운 방법이 있을 것이라고 확신합니다 awk.

내가 한 일은 3개의 파일을 모두 인쇄하고 변형에서 문자가 없는 모든 줄을 제거하는 것뿐이었습니다. 그런 다음 파이프라인은 sort -u모든 중복 항목을 제거합니다. 이 -r플래그는 순서를 반대로 합니다.

[root@SE ~]# awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} { if($3>0) { print }}' A.tsv B.tsv C.tsv | sort -ru
id  clade   mutation
267 20B SLT
261 40A MGG
254 20B SLT
243 40A SDF

@Quasimodo는 이것을 단순화했습니다. 감사해요.

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} (FNR>1 || NR==1) && $3' A.tsv B.tsv C.tsv

처리된 첫 번째 줄(즉, 첫 번째 입력 파일의 헤더)이거나 처리된 모든 줄인 경우 한 줄을 인쇄합니다.아니요헤더이지만 비어 있지 않은 세 번째 필드가 포함되어 있습니다. { ... }규칙 블록( ) 외부의 부울 표현식이 "true"로 평가되어 awk현재 행이 인쇄되어야 함 을 나타내기 때문에 작동합니다 .

Answer