for 루프를 사용하여 다양한 파일에서 확장자 앞의 임의 문자 4개를 어떻게 제거할 수 있습니까?

저는 생물정보학에 초점을 맞춘 학부 연구 프로젝트를 진행 중이며 파일 처리 과정을 진행하고 있습니다. 몇 가지 배경지식: 저는 A, T, G, C(DNA 샘플의 뉴클레오티드)의 매우 큰 샘플인 샷건 메타게놈 데이터와 제가 수집한 일부 한정자를 사용하여 작업하고 있습니다. 일부 파일을 다듬고 정리하고 일부 한정자를 추가하는 파이프라인의 몇 단계를 완료했습니다. 중요한 것은 이러한 읽기가 대부분 쌍방향 읽기이므로 두 파일 모두 뉴클레오티드를 오른쪽에서 왼쪽으로, 왼쪽에서 오른쪽으로 읽는다는 의미입니다.

그 전에는 기본적으로 생물학과 생태학만 머릿속에 맴돌았기 때문에 코딩이나 일이 어떻게/왜 이루어졌는지, 일반적인 관행/특징 등에 대한 배경 지식이 전혀 없었습니다. 당신은 이해했습니다.

즉, 저는 UNIX에서 매우 기본적인 for 루프 및 문자열 작업을 스스로 배웠고, 다양한 모듈과 기능을 사용하여 다양한 폴더에서 실행되는 일부 bash 파일을 만들었습니다. 샘플 코드는 다음과 같습니다.

cd ~/ncbi/public/sra/indian

for forward_read_file in *_1.fastq

do
rev=_2
reverse_read_file=${forward_read_file/_1/$rev}
perl /home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/AmbiguityFiltering.pl -i ${forward_read_file} -irev ${reverse_read_file} -c 1 -t5 -t3

rm ${forward_read_file} ${reverse_read_file}
done

#CAMEROON
cd ~/ncbi/public/sra/cameroon

for forward_read_file in *_1.fastq

do
rev=_2
reverse_read_file=${forward_read_file/_1/$rev}
perl /home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/AmbiguityFiltering.pl -i ${forward_read_file} -irev ${reverse_read_file} -c 1 -t5 -t3

rm ${forward_read_file} ${reverse_read_file}
done 

많은 폴더 등에 대해. 저는 문자열 조작을 사용하여 for 루프의 각 반복을 통해 쌍을 이루는 최종 파일을 호출한 다음 사용 중인 모듈에 대한 일부 매개변수와 매개변수를 가져옵니다.

지금 내가 가진 가장 큰 문제는 파이프라인의 다음 단계를 위해 최종 파일을 쌍으로 묶는 방법을 찾을 수 없다는 것입니다. 확장자 앞에 임의의 문자 4개가 있고 이를 예측할 수 없기 때문입니다. 의미 있는 데이터가 포함되어 있지 않으므로 파일 이름에서 해당 데이터를 제거하고 이전과 같이 계속할 계획입니다.

다음은 질문 파일의 예입니다. 질문은 문자열 끝에 있는 4개 문자입니다. 이를 제거하면 평소처럼 문자열 조작을 수행할 수 있습니다.

SRR5898908_1_prinseq_good_ZsSX.fastq  SRR5898928_2_prinseq_good_VygO.fastq  SRR5898979_1_prinseq_good_CRzI.fastq  SRR6166642_2_prinseq_good_nqVP.fastq  SRR6166693_2_prinseq_good_y_OD.fastq
SRR5898908_2_prinseq_good_HPTU.fastq  SRR5898929_1_prinseq_good_p2mS.fastq  SRR5898979_2_prinseq_good_vYcE.fastq  SRR6166643_1_prinseq_good_fc8y.fastq  SRR6166694_1_prinseq_good_Ka1C.fastq
SRR5898909_1_prinseq_good_X41r.fastq  SRR5898929_2_prinseq_good_uO8g.fastq  SRR5898980_1_prinseq_good_WuPS.fastq  SRR6166643_2_prinseq_good_QUUK.fastq  SRR6166694_2_prinseq_good_ZlNk.fastq
SRR5898909_2_prinseq_good_GbmA.fastq  SRR5898930_1_prinseq_good_3qyA.fastq  

시작 부분의 SRRxxxxx는 샘플이며,1또는2이는 각각 정방향 읽기 및 역방향 읽기이므로 문자열 작업입니다. 문제는 문자열 끝에 있는 4개의 문자입니다. 이를 제거하면 평소처럼 문자열 조작을 수행할 수 있습니다. 멘토는 어떻게든 FIND나 CUT 함수를 사용하라고 제안했고, find의 반환값을 조작변수로 사용하는 방법에 대해서도 이야기했지만, 그래도 같은 문제가 발생할 것 같은 느낌이 듭니다.

for 루프를 사용하여 이러한 문자를 어떻게 안전하게 제거할 수 있나요? 아니면 당신이 가장 잘 작동한다고 생각하는 것이 무엇이든.

감사합니다!