500개에 가까운 파일이 있고 각 파일에는 120개 이상의 열이 있으며 그 중 일부는 비어 있습니다.
hghflf.maf
lnuegflkn.maf
jdfrlbvfl11.maf
jkfbrhw4rkb4.maf
....
다음은 처음 몇 개 열(총 148개 열)에 대한 데이터 헤더의 예입니다.
Hugo_Symbol Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build Chromosome Start_Position
1 Unknown 0 . GRCh38 chr2 4871838
2 RNU5E-7P 0 . GRCh38 chr2 15866667
3 CAPN13 0 . GRCh38 chr2 30736899
4 Unknown 0 . GRCh38 chr2 35346478
1,4,5 열만 추출하고 각 파일에 대해 마지막 열(column43+column41/column43)(이 열은 예제에 표시되지 않음)을 만들고(총 4개 열) 모든 파일에 대해 병합하고 싶습니다. 테이블로. 무엇을 해야할지 아시나요?
[편집] column -t가독성을 위해 구문 분석됨:
Hugo_Symbol Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build Tumor_Sample_Barcode Chromosome Start_Position Reference_Allele Tumor_Seq_Allele2 Reference_Allele
Unknown 0 . GRCh37 10-26934N 2 181552 T C T
Unknown 0 . GRCh37 10-26934N 2 2742215 G A G
PQLC3 0 . GRCh37 10-26934N 2 11291948 C T C
MIR3681HG 0 . GRCh37 10-26934N 2 12522789 C A C
AC010880.1 0 . GRCh37 10-26934N 2 16536811 C G C
Unknown 0 . GRCh37 10-26934N 2 17111275 A C A
Unknown 0 . GRCh37 10-26934N 2 19044748 A - A
Unknown 0 . GRCh37 10-26934N 2 19114714 A G A
AC018742.1 0 . GRCh37 10-26934N 2 21935272 T C T
답변1
사용 awk:
awk 'NR==1{ print $1, $4, $5, "Median" }
FNR>1{ print $1, $4, $5, ($41+$43)/$43 }' ./multiple-files* >single-table-output