
공백으로 구분된 텍스트 파일이 있습니다.
NC_005943.1 RefSeq CDS 3259 4213 . + 0 gene_id "ND1";
NC_005943.1 RefSeq CDS 4421 5462 . + 0 gene_id "ND2";
NC_005943.1 RefSeq CDS 5850 7418 . + 0 gene_id "COX1";
NC_005943.1 RefSeq CDS 7532 8215 . + 0 gene_id "COX2";
NC_005943.1 RefSeq CDS 8357 8563 . + 0 gene_id "ATP8";
$9의 "gene ID" 문자열을 "transcript_id"로 바꿔야 합니다.
행위:
awk -F " " '{ if ($9 == "gene_id") $9="transcript_id";}2' OFS=, genes_2.gtf | head
나에게주세요:
NC_005943.1,RefSeq,CDS,3259,4213,.,+,0,transcript_id,"ND1";
NC_005943.1,RefSeq,CDS,4421,5462,.,+,0,transcript_id,"ND2";
NC_005943.1,RefSeq,CDS,5850,7418,.,+,0,transcript_id,"COX1";
NC_005943.1,RefSeq,CDS,7532,8215,.,+,0,transcript_id,"COX2";
NC_005943.1,RefSeq,CDS,8357,8563,.,+,0,transcript_id,"ATP8";
...쉼표로 구분된 구분 기호입니다.
공백 구분 기호를 보존해야 합니다. awk -F에 문제가 있다는 것을 알고 있지만 플래그를 공백으로 변경하는 데 문제가 있습니다.
매우 감사합니다.
답변1
이것은 작동합니다:
awk '{ $9 = "transcript_id"; print }' genes_2.gtf