간단한 cp 명령이 작동하지 않습니다(셸 스크립트 내에서 클러스터에서 sbatch 커밋 사용).

Question

이 ${d%?}구성은 예를 들어 POSIX 셸에서는 작동하지 않습니다 sh. 운영 체제에 따라 sh간단한 POSIX 셸 dash(예: Debian 또는 Ubuntu) 을 사용하거나 bashPOSIX 모드에서 실행될 수 있습니다. 두 경우 모두 ${d%?}이해되지 않으므로 스크립트가 손상될 가능성이 높습니다.

간단한 해결책은 #!/bin/bash. 그러나 스크립트도 불필요하게 복잡해 보입니다. 한편으로는 ${d%?}디렉토리 이름에서 후행 슬래시를 제거하는 것만으로 문제가 되지만 전혀 소용이 없습니다.

$ d="bar/"
$ cd $d
$ pwd
/home/terdon/foo/bar

디렉터리 이름 끝에 하나 이상의 슬래시가 있어도 괜찮습니다. 이 cd bar작업 을 수행 cd bar/하거나 cd bar//////////.

cd즉, 처음에는 필요하지 않으며 아무런 이유 없이 복잡성 계층을 추가할 뿐입니다. 다음은 스크립트의 단순화된 버전입니다.

#!/bin/bash
for d in lambda.*/
do

  mv Transfer/"$d"/ENMIN/  "$d"
  echo "Transferred"
  ( ## open a subshell so the cd only hapens in the subshell
    ## and doesn't affect the script
    cd "$d"/ENMIN/ && 
      time mpirun -np $SLURM_NTASKS gmx_mpi mdrun -v -stepout 1000 -s enmin.tpr -deffnm enmin
  )
  echo "Energy minimization done of $d cycle"
  echo "Copying to OutboundTransfer"
  mkdir Transfer/"$d"
  cp -r "$d"/ENMIN Transfer/"$d"
  echo "Copied"
done

이것이 어떻게 작동하는지 모르겠지만 sbatch귀하의 설명에 따르면 아마도 스크립트를 실행 sh하고 shebang을 무시하는 것처럼 들립니다. 위의 버전을 시도 sbatch bash MyScript.sh하거나 간단히 시도해 볼 수도 있습니다. 모든 sh 스타일 쉘에 이식 가능해야 합니다. 어쨌든 유일한 문제는 그것이 ${d%?}기 때문에 제거하면 모든 문제가 해결됩니다.

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