기계가 느리게 작동하는 이유를 확인하는 방법은 무엇입니까?

저는 그래픽 SSH 클라이언트(securessh)를 사용하여 Linux 서버(가상 머신으로 설치됨)에 로그인합니다. 서버는 tomcat5.5 서버를 실행합니다.관계설치되었습니다.

명령을 입력하거나 작은 파일(약 5-6MB)을 삭제/복사할 때 쉘이 응답하는 데 오랜 시간이 걸립니다(10초에서 거의 1분까지). top메모리/CPU 시간을 많이 사용하는 프로세스가 있는지 확인하기 위해 실행을 시도했습니다 .

top - 13:34:41 up 86 days, 16:04,  1 user,  load average: 2.13, 0.99, 1.94
Tasks:  63 total,   1 running,  62 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s):  2.0%us,  1.5%sy,  0.0%ni, 96.2%id,  0.2%wa,  0.0%hi,  0.1%si,  0.0%st
Mem:   3896416k total,  3097824k used,   798592k free,   167180k buffers
Swap:   915664k total,       84k used,   915580k free,  2409236k cached

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND                                                                                      
20436 tomcat55  20   0  359m 217m  13m S   18  5.7   2713:04 jsvc                                 

tomcat55 사용자만이 많은 리소스를 사용합니다. 위의 출력에 따르면 이 사용자는 메모리의 5.7%와 CPU의 5.7%만을 소비하고 있는 것으로 보입니다. 제가 top출력을 잘못 읽었나요? CPU 및 메모리 사용률이 너무 낮은 경우 시스템 성능이 그토록 저하되는 이유는 무엇입니까?

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편집하다:이제 실행하여 다음을 얻으려고 합니다.

ATOP - repository         2011/09/20  16:08:48               10 seconds elapsed
PRC | sys   0.17s | user   0.03s | #proc     64 | #zombie    0 | #exit      4 |
CPU | sys      2% | user      1% | irq       0% | idle    198% | wait      0% |
cpu | sys      1% | user      1% | irq       0% | idle     98% | cpu001 w  0% |
cpu | sys      0% | user      0% | irq       0% | idle     99% | cpu000 w  0% |
CPL | avg1   0.05 | avg5    0.92 | avg15   1.29 | csw      976 | intr      61 |
MEM | tot    3.7G | free  656.7M | cache   2.4G | buff  170.9M | slab  241.3M |
SWP | tot  894.2M | free  894.1M |              | vmcom 781.9M | vmlim   2.7G |
DSK |         sda | busy      0% | read       0 | write      9 | avio    0 ms |
NET | transport   | tcpi      18 | tcpo      26 | udpi       0 | udpo       0 |
NET | network     | ipi       22 | ipo       26 | ipfrw      0 | deliv     22 |
NET | eth1     0% | pcki      34 | pcko      26 | si    2 Kbps | so   11 Kbps |

  PID  SYSCPU  USRCPU  VGROW  RGROW  RDDSK  WRDSK  ST EXC S  CPU CMD     1/1   
 4687   0.06s   0.02s     0K     0K      -      -  NE   0 E   1% <lsb_release>
 4689   0.04s   0.01s     0K     0K      -      -  NE   0 E   1% <apt-cache>   
 4684   0.04s   0.00s   132K   132K     0K     0K  --   - R   0% atop
 4673   0.02s   0.00s     0K     0K     0K     0K  --   - S   0% sshd         
 4152   0.01s   0.00s     0K     0K     0K     0K  --   - S   0% vmware-guestd
 2302   0.00s   0.00s     0K     0K     0K     4K  --   - S   0% kjournald
 4688   0.00s   0.00s     0K     0K      -      -  NE   0 E   0% <sh> 
 4686   0.00s   0.00s     0K     0K      -      -  NE   0 E   0% <sh>    

내가 올바르게 이해했다면 "좀비"는 없지만 여전히 CPU 시간의 대부분을 차지합니다(199%에서 200%로 점프). 이것이 예상되는 동작입니까?