bcftools를 사용하여 다음 데이터 세트를 얻었습니다.
$ bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf
CHROM POS REF ALT AN AC
6 85406127 T A 6 2
6 85406180 T G 6 5
6 85406187 T G 6 1
-
-
-
6 85434019 T A 0 0
6 85434075 A C 0 0
다음 명령을 사용하여 원하는 출력을 얻으십시오.
bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '$5 !=0' | awk '{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}'
6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C 0.000000
6:85406180 T:G 0.833333
데이터 세트에서 열 5와 6에는 0이 포함되어 있습니다. 따라서 0을 0으로 나눈 결과는 다음과 같습니다.치명적: 0으로 나누려고 시도함. 이것이 바로 출력의 세 번째 열에서 NA를 보고 싶은 이유입니다.
6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C NA
6:85406180 T:G 0.833333
나는 다음과 같은 출력을 얻으려고 노력합니다.
bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '{ if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
'{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}'
else
'{printf "%s:%s %s:%s %b\n", $1, $2, $3, $4, 'NA'}'
}'
그런데 저는 이런 결과를 받았습니다.
awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
awk: cmd. line:2: {printf
awk: cmd. line:2: ^ unexpected newline or end of string
이 문제를 어떻게 해결할 수 있나요?
어떤 기여라도 환영합니다!
답변1
거의 다 왔습니다. 이것을 사용하십시오 :
awk '{ if ($5!= 0 && $6!= 0) {printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5} else {printf "%s:%s %s:%s NA\n", $1, $2, $3, $4} }'
"NA" 문자열은 printf
문자열 자체의 일부입니다. 게다가 { *statemet* }
안에 넣기도 싫고'
또한 AWK에서 bash
계산( )을 혼합하지 마십시오 [[ ]]
.
AWK 구문을 빠르게 확인할 수 있습니다여기
답변2
필요한 것은 삼항 표현식뿐입니다.
bcf... | awk 'NR>1{printf "%s:%s %s:%s %s\n", $1, $2, $3, $4, ($5 ? $6/$5 : "NA")}'
$6
0
나누지 않기 때문에 그것이 아닌지는 중요하지 않습니다 .
보세요( 제가 가지고 있지 않은 명령을 cat file
여러분의 명령으로 대체하세요 ):bcf...
$ cat file
CHROM POS REF ALT AN AC
6 85406127 T A 6 2
6 85406180 T G 6 5
6 85406187 T G 6 1
6 85434019 T A 0 0
6 85434075 A C 0 0
$ cat file | awk 'NR>1{printf "%s:%s %s:%s %s\n", $1, $2, $3, $4, ($5 ? $6/$5 : "NA")}'
6:85406127 T:A 0.333333
6:85406180 T:G 0.833333
6:85406187 T:G 0.166667
6:85434019 T:A NA
6:85434075 A:C NA