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"chr1"로 시작하는 항목을 제거하고 "chr11" 또는 "chr19"로 시작하는 항목을 유지하려면 어떻게 grep합니까?

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"chr1"로 시작하는 항목을 제거하고 "chr11" 또는 "chr19"로 시작하는 항목을 유지하려면 어떻게 grep합니까?

다음과 같은 항목이 포함된 파일이 있습니다.

chr1    740678  740720
chr1    2917480 2917507

or로 시작하는 항목을 제거하고 or 등 으로 시작하는 항목은 chr1유지하고 싶습니다 . 그것을 사용하면 chr11 또는 chr19로 시작하는 다른 모든 항목이 제거됩니다. 사용할 수 있는 다른 정규 표현식이 있나요?chr11chr19grep -v "chr1"

답변1

먼저, 첫 번째 문자열을 포함하지만 첫 번째 문자열이 아닌 줄을 ^chr1찾는 것을 피하기 위해 줄의 시작 부분( )에만 일치하도록 정규식을 고정해야 합니다 (예를 들어 주석이 달린 VCF 파일에서 쉽게 발생할 수 있음). 다음으로 (GNU) 옵션을 chr1사용할 수 있습니다 .-wgrep

   -w, --word-regexp
          Select  only  those  lines  containing matches that
          form whole words.  The test is  that  the  matching
          substring  must  either  be at the beginning of the
          line,  or  preceded  by  a   non-word   constituent
          character.  Similarly, it must be either at the end
          of the line or followed by a  non-word  constituent
          character.     Word-constituent    characters   are
          letters, digits, and the underscore.   This  option
          has no effect if -x is also specified.

이를 지원 하지 않으면 grep다음을 사용하십시오.

grep -v '^chr1\s' file

공백(탭 및 공백 포함) 과 일치하므로 \s공백 문자로 시작하고 chr1그 뒤에 공백 문자가 오는 모든 줄은 제외됩니다.

답변2

chr1 뒤에 공백이나 탭이 있는 것 같습니다. chr1따라서 , 뒤에 공백 문자를 검색할 수 있습니다 . 이 시도:

grep -v "chr1\s\+"

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