영숫자 ID를 기준으로 fasta 파일 정렬

파일에 null 바이트가 없다고 가정하고 GNU sort & sed를 사용합니다.

sed 's/^>/\x00&/' file  | sort -z | tr -d '\0'

이는 널 바이트로 시작하는 블록을 널 바이트로 분리한 다음 >GNU sort 의 -z/ 옵션을 사용하여 --zero-terminated사전순으로 레코드를 정렬한 다음 tr널 바이트를 제거합니다.

1. GNU sort와 POSIX를 사용 awk하고 다음을 수행하십시오 cut.

   awk '/^>/{key=$1} {print key, $0}' file | sort -k1,1 -s | cut -d' ' -f2-
   

   -s이는 원래 줄 번호를 인쇄하고 다음 예와 같이 추가로 정렬할 필요 없이 GNU 정렬("안정적인 정렬") 옵션을 사용하여 각 블록 내의 원래 줄 순서가 유지되도록 할 수 있기 때문에 작동합니다 .

2. 또는 모든 POSIX/표준 UNIX 도구를 사용하십시오.

   awk '/^>/{key=$1} {print key, NR, $0}' file | sort -k1,1 -k2,2n | cut -d' ' -f3-
   

   이것의 장점은 모든 UNIX 시스템에서 작동한다는 것입니다.

위의 두 가지 방법 모두 아래 방법에 비해 장점이 있습니다 gawk. 유일한 대안은 awk전체 입력 파일을 메모리에 저장할 필요가 없으므로 많은 수의 입력 파일에도 작동합니다. sort파이프라인의 파일만 전체 파일을 처리해야 하며 다음을 사용합니다. 요청 페이지 매김 등이 이를 수행할 수 있습니다.

3. 마지막으로 GNU awk를 사용하십시오 sorted_in(참조:https://www.gnu.org/software/gawk/manual/gawk.html#Controlling-Scanning):

   awk '
       /^>/{key=$1} {vals[key]=vals[key] $0 ORS}
       END { PROCINFO["sorted_in"]="@ind_str_asc"; for (key in vals) printf "%s", vals[key] }
   ' file
   

   더 큰 스크립트의 중간에 실행하는 경우 마지막 것이 실제로 더 나은 선택이므로 awk정렬을 위해 외부 셸 도구를 사용하는 것은 이상적인 선택이 아닙니다.

이는 다음과 같은 기본 아이디어이다.손님이 참 \0똑똑 하네요, 그러나 GNU 도구는 필요하지 않습니다.

$ perl -pe '/>/ ? s/\n/\t/ : s/\n//; ' foo.fa | sort | perl -pe 's/(?<=.)>/\n>/g; y/\t/\n/' | fold -w 60
>Ipunensis_00386        Yfr1
GCGGAGACGAAAGTTTCCGTTCACTCCTCACACCACACTCCGCCCAAATCATTGATTTGG
GCGGTT
>Ipunensis_00401        tRNA-Gly(gcc)
GCGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCGTCACCTTGCCAAGGTGAATGTCGCGCGTTCGAATC
GCGTTACCCGCT
>Ipunensis_00001        transposase IS4 family protein
ATGCAGAAGTTTCAGGGCATCCACTGGGTCAACCTAGACGGGCAGCACCAGGTTAGCAAT
CTCAGTGATGAGCGACGCTTAATCATCCACCTCTTGGGGCCACCTGTTGAGCGCTACTAC
CATGCCCCTGGTTAA
>Ipunensis_00002        Photosystem I assembly protein Ycf3
ATGCGTCACCCCGCCAAGTTACTCGGGTTAGTCACTCTCACCAGTATGCTTACGCTGGCT
>Ipunensis_00003        Cell wall-associated protease
ATGAAACGTTTTCTGACCAGTCTTTTGCTGACGGGCCTGCTTTGGCATAGTGGGGGCAGC
GTTGGGGTTGGGAGAGGTGCGATCGCACAAACCCAGTCCACCCCAGACCTCTACTACACC
>Ipunensis_00004        Photosystem I assembly protein Ycf3
TTGACCTGCGGCCCGCAGCCCTACCTGCCCAACCTGACTCCAGAAATTCCCATGATCTAC
CGCCTCTCGTCTCCCGGATTTTTGCTGGCGCTGCTGCTGCTATCTGCCGTCGATCCGGCA
>Ipunensis_00226        tRNA-Leu(gag)
TGCGGATGTGGTGGAACTGGTAGACACGCACGTTTGAGGGGCGTGTGGCTTACGCCTTGC
GAGTTCGAGTCTCGCCATCCGCAT
>Ipunensis_00045        tRNA-Ala(cgc)
GGGGAATTAGCTCAGCTGGTAGAGCGCTGCGATCGCACCGCAGAGGTCAGGAGTTCGAAT
CTCCTATTCTCCA
>Ipunensis_00357        glnA
ATCGTTCATCTCTTCAAACTGTCAAAGCTACTTACAAAAGCTACAGACGCACCAAGAGAC
GGAAGTAGGGGTCTGATCCCCCCGAAGGAACGCGCC
>Ipunensis_00403        tRNA-Gly(gcc)
GCGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCGTCACCTTGCCAAGGTGAATGTCGCGCGTTCGAATC

설명하다

첫 번째 명령은 perl개행을 a가 포함된 행으로 바꾸고, 그렇지 않은 행에서는 아무것도 바꾸지 않습니다. 이렇게 하면 ID와 시퀀스가 ​​탭으로 구분되어 같은 줄에 배치됩니다.\t>

그런 다음 이것은 개행 문자를 대체 sort하는 두 번째 perl 로 전달됩니다 >. 단, 앞에 다른 문자가 있는 경우에만 가능합니다(첫 번째 항목 앞에 추가 개행 문자를 추가하는 것을 방지하기 위해). 이것은 fasta와 같은 형식으로 다시 변환됩니다.

마지막으로 출력을 전달하여 fold -w 60표준 60자 fasta 형식을 얻습니다. 그러나 ID 줄이 60자를 초과하는 경우 ID 줄도 축소됩니다. 이것이 문제라면 이 두 가지를 시도해 보세요. awk이것이 문제라면 제 것을 시도해 보세요.이전에 게시됨그리고 다음을 수행하십시오:

$ FastaToTbl foo.fa | sort | TblToFasta 
>Ipunensis_00001 transposase IS4 family protein 
ATGCAGAAGTTTCAGGGCATCCACTGGGTCAACCTAGACGGGCAGCACCAGGTTAGCAAT
CTCAGTGATGAGCGACGCTTAATCATCCACCTCTTGGGGCCACCTGTTGAGCGCTACTAC
CATGCCCCTGGTTAA
>Ipunensis_00002 Photosystem I assembly protein Ycf3 
ATGCGTCACCCCGCCAAGTTACTCGGGTTAGTCACTCTCACCAGTATGCTTACGCTGGCT
>Ipunensis_00003 Cell wall-associated protease 
ATGAAACGTTTTCTGACCAGTCTTTTGCTGACGGGCCTGCTTTGGCATAGTGGGGGCAGC
GTTGGGGTTGGGAGAGGTGCGATCGCACAAACCCAGTCCACCCCAGACCTCTACTACACC
>Ipunensis_00004 Photosystem I assembly protein Ycf3 
TTGACCTGCGGCCCGCAGCCCTACCTGCCCAACCTGACTCCAGAAATTCCCATGATCTAC
CGCCTCTCGTCTCCCGGATTTTTGCTGGCGCTGCTGCTGCTATCTGCCGTCGATCCGGCA
>Ipunensis_00045 tRNA-Ala(cgc) 
GGGGAATTAGCTCAGCTGGTAGAGCGCTGCGATCGCACCGCAGAGGTCAGGAGTTCGAAT
CTCCTATTCTCCA
>Ipunensis_00226 tRNA-Leu(gag) 
TGCGGATGTGGTGGAACTGGTAGACACGCACGTTTGAGGGGCGTGTGGCTTACGCCTTGC
GAGTTCGAGTCTCGCCATCCGCAT
>Ipunensis_00357 glnA 
ATCGTTCATCTCTTCAAACTGTCAAAGCTACTTACAAAAGCTACAGACGCACCAAGAGAC
GGAAGTAGGGGTCTGATCCCCCCGAAGGAACGCGCC
>Ipunensis_00386 Yfr1 
GCGGAGACGAAAGTTTCCGTTCACTCCTCACACCACACTCCGCCCAAATCATTGATTTGG
GCGGTT
>Ipunensis_00401 tRNA-Gly(gcc) 
GCGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCGTCACCTTGCCAAGGTGAATGTCGCGCGTTCGAATC
GCGTTACCCGCT
>Ipunensis_00403 tRNA-Gly(gcc) 
GCGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCGTCACCTTGCCAAGGTGAATGTCGCGCGTTCGAATC