특정 데이터를 다른 디렉터리의 여러 파일로 추출

Question 1

gnu grep, sed 및 3개의 디렉터리를 사용하여 bash에서 작업하고 있다고 가정합니다.

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

Bash에서 globstar 기능을 사용할 수 있습니다(**)

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

이제 grep을 사용하여 원하는 라인을 찾기만 하면 됩니다.

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

그런 다음 sed를 사용하여 추출된 줄을 수정해야 합니다. 완전한 명령은 다음과 같습니다

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

참고: 2ert_B 폴더에 Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt 파일이 없다고 가정합니다.

Answer

gnu grep, sed 및 3개의 디렉터리를 사용하여 bash에서 작업하고 있다고 가정합니다.

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

Bash에서 globstar 기능을 사용할 수 있습니다(**)

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

이제 grep을 사용하여 원하는 라인을 찾기만 하면 됩니다.

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

그런 다음 sed를 사용하여 추출된 줄을 수정해야 합니다. 완전한 명령은 다음과 같습니다

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

참고: 2ert_B 폴더에 Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt 파일이 없다고 가정합니다.

Question 2

나는 이것 find에 도달 하지 않을 수 없었다awk

find . -type f -name "Pocket*.pdb" -exec awk -F: '$1~"Solvent"{last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2}' {} \;

Pocket_003_6yus_1.pdb      45.3   (22.4%)
Pocket_001_2ert_B.pdb      125.4   (49.9%)

송곳

패턴과 일치하는 모든 파일에서 . find다음 코드를 사용하십시오.-type f-name"Pocket*.pdb"-exec

find . -type f -name "Pocket*.pdb" -exec

awk-F:관심 있는 텍스트를 찾을 때까지 필드 구분 기호를 사용하여 각 파일을 한 줄씩 반복합니다.$1~"Solvent"

  awk -F: '$1~"Solvent"{

일치하는 항목이 발견되면 분할된 비트 수가 저장 split되고 파일 이름(in )과 원하는 데이터가 저장 되며 더 이상 처리가 필요하지 않습니다. 개별적으로 찾은 각 파일에 대해 개별적으로 이 작업을 수행합니다.FILENAMEbits[]/lastprintbits[last]$2exitawk{}\;

    last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2; exit 1}' {} \;

하지만 결국 입력한 후에는@renaud globstar와 함께awk

awk -F: '$1~"Solvent"{last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2; exit 1}' **/Pocket*.pdb

Pocket_001_2ert_B.pdb      125.4   (49.9%)
Pocket_003_6yus_1.pdb      45.3   (22.4%)

단지 순서가 다를 뿐이죠.

Answer