문자열을 인접한 문자열로 교체

Question 1

sed 's/[[:alnum:]]*\.\([[:alnum:]_.]*\)/\1.\1/' file

그러면 영숫자 문자 집합으로 시작하고 그 뒤에 점이 오는 문자열을 찾습니다. 이 줄은 삭제됩니다. 그 뒤에는 영숫자, 점, 밑줄로 구성된 문자열이 와야 합니다. 이것은 모두 중간에 점이 있는 표현식의 두 번째 부분으로 두 번 대체됩니다.

문제의 데이터를 고려하면 다음과 같은 결과가 나옵니다.

s       scaffold_1.scaffold_1   19037   10      +       13588361        ATAATAAAAT
s       RANA1.RANA1     9000    10      +       13588361        ATAATAAAAT
s       scaffold_5.scaffold_5   19037   10      +       13588361        ATAATAAAAT
s       scaffold_8.scaffold_8   19037   10      +       13588361        ATAATAAAAT
s       SGBE0296.1.SGBE0296.1   68900   10      +       13588361        ATAATAAAAT

이는 "이름"이 일치 [[:alnum:]]*하고 "비계"가 일치한다고 가정합니다 [[:alnum:]_.]*.

약간 "현학적"인 정규식은 다음과 같습니다.

sed 's/[[:alnum:]]\{1,\}\.\([[:alnum:]]\{1,\}\([._][[:digit:]]\{1,\}\)\{0,1\}\)/\1.\1/' file

점 양쪽의 하위 문자열은 비워둘 수 없으며 스캐폴드 접미사( _1또는 .1등)는 선택적으로 스캐폴드 이름과 별도로 일치됩니다.

확장된 정규식(아마도 읽기 쉬움)으로서 이는 다음과 같이 작성됩니다.

sed -E 's/[[:alnum:]]+\.([[:alnum:]]+([._][[:digit:]]+)?)/\1.\1/' file

이는 주어진 데이터에 대한 첫 번째 명령과 동일한 출력을 생성합니다.

Answer

sed 's/[[:alnum:]]*\.\([[:alnum:]_.]*\)/\1.\1/' file

그러면 영숫자 문자 집합으로 시작하고 그 뒤에 점이 오는 문자열을 찾습니다. 이 줄은 삭제됩니다. 그 뒤에는 영숫자, 점, 밑줄로 구성된 문자열이 와야 합니다. 이것은 모두 중간에 점이 있는 표현식의 두 번째 부분으로 두 번 대체됩니다.