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DNA 파일의 DNA 코돈 계산

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DNA 파일의 DNA 코돈 계산

dna 파일을 가져와 개행 문자나 공백 문자가 없는지 확인한 다음 고유 코돈과 해당 발생 횟수를 출력하는 bash 스크립트를 만들고 싶습니다. 다음 코드를 사용했지만 codon이 계속 "bash-3.2$"를 제공합니다. 구문이 잘못된 것인지, 왜 올바른 출력을 얻지 못하는 것인지 혼란스럽습니다.

! /bin/bash

for (( pos=1; pos < length - 1; ++pos )); do
    codon = substr($1, $pos, 3)
    tr-d '\n' $1 | awk -f '{print $codon}' | sort | uniq -c
done

예를 들어 dnafile이라는 파일에 aacacgaactttaacacg 패턴이 포함되어 있으면 스크립트는 다음 입력 및 출력을 사용합니다.

 $script dnafile              
 aac 3
 acg 2
 ttt 1

답변1

스크립트의 첫 번째 줄이 새 bash셸을 시작하기 때문에 해당 출력을 얻습니다.

이 줄은 읽어야합니다

#!/bin/bash

( #시작 부분에 주의하세요).

그런 다음 awk절대로 작동하지 않는 방식으로 구문과 셸 코드를 혼합합니다.

대신, 단순하게 유지하고 파일을 세 개의 문자 그룹으로 나누고 정렬한 다음 얻을 수 있는 고유한 문자 수를 세어보세요.

$ fold -w 3 dnafile | sort | uniq -c
   3 aac
   2 acg
   1 ttt

이 접근 방식은 입력이 항상 3개의 문자의 배수를 포함하고 포함된 공백이나 다른 문자가 없는 한 작동합니다.

답변2

(echo aacacgaactttaacacg ;echo aacacgaactttaacacg ) |
  perl -ne '# Split input into triplets (A3)
            # use each triplet as key in the hash table count
            #   and increase the value for the key
            map { $count{$_}++ } unpack("(A3)*",$_);
            # When we are at the end of the file
            END{ 
                 # Remove the key "" (which is wrong)
                 delete $count{""};
                 # For each key: Print key, count
                 print map { "$_ $count{$_}\n" } keys %count
            }'

답변3

약간 장황한 awk버전

awk 'BEGINFILE{print FILENAME; delete codon}
     ENDFILE {
     if (NR!=1 || NF!=1 || length($0)%3!=0){
         print "is broken"}
     else{
         for (i=1; i<=length($0); i+=3) codon[substr($0,i,3)]++}; 
         for (c in codon) print c, codon[c]; 
         print ""}' file*

이 입력의 경우

파일 1: 확인

aacacgaactttaacacg

파일 2: 공간

aacacgaact ttaacacg

파일 3: 개행 문자

aacacgaact
ttaacacg

file4: 3개 염기의 배수가 아님

aacacgaactttaacac

당신은 얻는다

file1
aac 3
ttt 1
acg 2

file2
is broken

file3
is broken

file4
is broken

파일을 복구하고 싶고 file4파일 cat이 tr한쪽 끝에서 전달되거나 awk예제와 같이 다른 쪽 끝에서 전달되는 것과 같은 것이 없는 경우

<<< $(cat file[1..3] | tr -d "\n ")

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