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텍스트 파일에서 정보를 추출하여 별도의 파일에 저장하고 싶습니다.

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텍스트 파일에서 정보를 추출하여 별도의 파일에 저장하고 싶습니다.

내 파일에서 정보를 추출하여 별도의 파일에 저장하고 싶습니다.

입력 파일은 다음과 같습니다.

>Feature NODE_18_1000_cov_1.366138
1 888 CDS
   db_xref COG:COG3385
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   inference similar to AA sequence:ISfinder:ISPg4
   locus_tag LFHBJEGH_33517
   product IS4 family transposase ISPg4
>Feature NODE_18222_1000_cov_1.310053
665 330 CDS
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   locus_tag LFHBJEGH_33518
   product hypothetical protein
962 675 CDS
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   locus_tag LFHBJEGH_335
   product hypothetical protein
>Feature NODE_18194_1000_cov_2.550265
939 187 CDS
   EC_number 1.14.99.46
   db_xref COG:COG2141
   gene rutA_3
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   inference similar to AA sequence:UniProtKB:P75898
   locus_tag LFHBJEGH_33480
   product Pyrimidine monooxygenase RutA

노드 ID(">" 뒤의 이름)를 "locus_tag"와 일치시키고 싶습니다.
내가 원하는 출력은 다음과 같습니다.

Feature NODE_18_1000_cov_1.366138 LFHBJEGH_33517
Feature NODE_18222_1000_cov_1.310053 LFHBJEGH_33518
Feature NODE_18222_1000_cov_1.310053 LFHBJEGH_335
Feature NODE_18194_1000_cov_2.550265 LFHBJEGH_33480

여기에는 어떤 명령이 적용됩니까?

답변1

그리고 awk:

awk '/>Feature NODE_/{ nodeId=$0; next } /locus_tag/{ print nodeId, $2 }' infile

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