
게놈의 각 위치에 대한 게놈 적용 범위를 지정하는 침대 파일 게놈_cov.bed가 있습니다. 기둥은 비계, 위치, 적용 범위입니다.
scaffold_1 1 0
scaffold_1 2 0
scaffold_1 3 32
scaffold_1 4 34
scaffold_1 5 34
scaffold_1 6 39
scaffold_1 7 39
scaffold_1 8 53
scaffold_1 9 58
scaffold_1 10 60
두 번째 열을 반복하는 다른 침대 파일을 생성하고 싶습니다.
cut -f를 사용할 때 열을 복사할 수 없으며 awk 명령을 사용할 때:
awk '{print $1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed > genome_cov2.bed
침대 파일을 생성하지 않으며 결국 다음과 같이 표시됩니다.
scaffold_1 1 1 0
scaffold_1 2 2 0
scaffold_1 3 3 32
scaffold_1 4 4 34
scaffold_1 5 5 34
scaffold_1 6 6 39
scaffold_1 7 7 39
scaffold_1 8 8 53
scaffold_1 9 9 58
scaffold_1 10 10 60
답변1
설정할 수 있습니다출력 필드 구분 기호탭:
awk '{print $1,$2,$2,$3}' OFS='\t' genome_cov.bed
또는 printf
형식을 명시적으로 지정하는 경우
awk '{printf "%s\t%s\t%s\t%s\n",$1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed