텍스트 파일에서 파일 경로를 읽어 작업 배열을 실행합니다.

아래 스크립트를 사용하여 일련의 작업을 실행하려고 합니다.

#!/bin/bash --login
#$ -cwd
#$ -t 1-4

module load apps/bioinf
module load apps/trimmomatic/0.36/noarch

file=`awk "NR==$SGE_TASK_ID" ~/scratch/Genome/single_reads.txt`

trimmomatic SE $file $(basename $file) SLIDINGWINDOW:5:20 MINLEN:35

이전에는 현재 디렉터리의 파일 이름만 포함된 텍스트 파일을 읽을 때 작동했습니다. 예를 들어, Single_reads.txt라는 원본 텍스트 파일에는 다음이 포함됩니다.

ERR179588.fastq.gz
ERR179589.fastq.gz
ERR179590.fastq.gz 잠깐...

이제 파일 이름 대신 각 줄에 나열된 파일 경로를 사용하려고 합니다. 예를 들어:

~/scratch/fasta_files/ERR1795288.fastq.gz.
~/scratch/fasta_files/ERR1795289.fastq.gz 등...

이 오류가 계속 발생합니다.

TrimmomaticSE: Started with arguments:
~/scratch/fasta_files/ERR1795288.fastq.gz ERR1795288.fastq.gz SLIDINGWINDOW:5:20 MINLEN:35
Automatically using 1 threads
Exception in thread "main" java.io.FileNotFoundException: ~/scratch/fasta_files/ERR1795288.fastq.gz (No such file or directory)

어쩌면 파일 경로를 다른 디렉터리의 파일이 아닌 현재 디렉터리의 파일 이름으로 처리할 수도 있습니다.

이것이 기본이라면 죄송합니다. 저는 bash를 처음 사용합니다!