작업 셸 스크립트

변수에 값을 저장하는 것과 같은 작업을 수행하는 쉘 스크립트가 있습니다. 예를 들어, 이것은 내 스크립트입니다.

for i in ../../*.bam
do
        fn=$(basename $i)
        fn=${fn%_Aligned.sortedByCoord.out.bam}

        bamToBed -i $i | awk -v OFS="\t" '{if($6 ~ /+/){print $1,$2+67,$2+67+1,$4,$5,$6}else{print $1,$3-67-1,$3-67,$4,$5,$6}}' | awk -v OFS="\t" '$3 > 0' > ${fn}_pos.bed

        sortBed -g $genome -i ${fn}_pos.bed > ${fn}_n_pos.bed

        mv ${fn}_n_pos.bed ${fn}_pos.bed

        perl counter.pl ${fn}_pos.bed | sortBed -g $genome -i stdin | intersectBed -g $genome -sorted -a <(cat $genome | awk -v OFS="\t" '{print $1,"0",$2}') -b stdin -wa -wb | cut -f 4-7 > ${fn}.bedGraph

        bedGraphToBigWig ${fn}.bedGraph $genome ${fn}.bw

        a=`samtools view $i | wc -l`

        intersectBed -g $genome -sorted -c -a <(cat test.bed | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2-50,$2+400,$4,$5,$6}') -b ${fn}_pos.bed | cut -f 4,7 | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}'> ${fn}_IP_count.txt

        cat ${fn}_IP_count.txt | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}' > final.txt
done

코드에서 이 줄을 볼 수 있듯이 그 안에 변수를 선언합니다 a. 숫자를 저장합니다. 그런 다음 탭으로 구분된 2열 텍스트 파일을 만들고 ${fn}_IP_count.txt 이 파일에 세 번째 열을 추가하려고 합니다. 여기서 세 번째 열은 a각 행의 변수에 저장된 값입니다. 예를 들어 2열 파일은 다음과 같습니다.

gene1   200
gene2   23
gene3   45
gene4   10

변수 a에 저장된 값이 245676이라고 가정하면 출력이 다음과 같이 세 번째 열에 저장되기를 원합니다.

gene1   200 245676
gene2   23  245676
gene3   45  245676
gene4   10  245676

awk를 사용해 보았지만 정답을 얻지 못했습니다. 어떤 도움이라도 대단히 감사하겠습니다.