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하나의 파일과 다른 여러 파일의 문자열을 구문 분석하는 방법은 무엇입니까?

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하나의 파일과 다른 여러 파일의 문자열을 구문 분석하는 방법은 무엇입니까?

다음과 같이 7253.txt에 나열된 문자열 목록을 grep하려고 합니다.

rs11078372 
rs1124961 
rs11651880 
rs11659047 
rs1736209

사용:

grep -o -f 7253.txt *.logistic > result.txt

여러 파일에서 *.logistic. 이러한 파일은 크기가 크며 이 grep 명령은 시간이 오래 걸립니다.

.logistic 파일은 다음과 같습니다.

#CHROM  POS  ID REF ALT A1  TEST    OBS_CT  OR  LOG(OR)_SE  Z_STAT  P
17  16933404    rs11867934  T   C   T   ADD 32232   0.974082    0.0279353   -0.940008   0.347213

따라서 7253.txt의 문자열은 .logistic의 ID 열과 일치합니다. 그리고 정확히 일치해야 합니다.

이러한 *.logistic 파일을 구문 분석하는 보다 효율적인 방법이 있습니까?

이 파일은 22개이며 이름은 다음과 같습니다: FINchr1.pheno.glm.logistic, FINchr2.pheno.glm.logistic...

result.txt의 .logistic에서 ID와 P 열(3열과 12열)을 추출할 수 있다면 좋을 것 같습니다.

.logistic에서 ID만 추출하려면 다음을 수행할 수 있습니다.

awk 'FNR!=1 {print $3}' *.logistic | grep -o -w -F -f 7253.txt > result.txt

하지만 .logistic에서 3번째와 12번째 열 ID와 P 열을 추출하는 방법은 무엇입니까?

고마워요 안나

답변1

아마도 당신은 원할 것입니다

awk '
    NR == FNR {ids[$1]=1; next}
    $3 in ids {print $3, $12}
' 7253.txt *.logistic > result.txt

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