병렬 처리와 함께 기본 이름을 사용하는 방법은 무엇입니까?

Question 1

귀하의 basename명령은 고정 .fasta확장만 제거합니다. 제가 아는 한 변수 패턴은 제거할 수 없습니다.

그러나 GNU parallel는Perl 표현식 대체 문자열basename이전보다 더욱 강력해진 시설. 주어진

$ ls *_chrm.part*.fasta
ERR358546_chrm.part-2.fasta  ERR358546_chrm.part-5.fasta  ERR358546_chrm.part-8.fasta
ERR358546_chrm.part-3.fasta  ERR358546_chrm.part-6.fasta  ERR358546_chrm.part-9.fasta
ERR358546_chrm.part-4.fasta  ERR358546_chrm.part-7.fasta

그 다음에

$ parallel echo Result'{= s:_.*$:: =}' ::: *_chrm.part*.fasta
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546

대체는 s:_.*$::밑줄 뒤의 모든 것을 아무것도 대체하지 않습니다. 원래 명령으로 이식되었습니다.

time parallel ' 
  singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg \
  perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
  -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
  -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
  -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
  -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
  -cas -def G --meta \
  -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result'{= s:_.*$:: =}' \
  -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}
' ::: *_chrm.part*.fasta

부품 색인을 캡처하고 포함하려면 표현식을 다음과 같이 수정할 수 있습니다.

Result'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:_$1: =}'

또는

'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:Result_$1: =}'

예를 들어.

Answer

귀하의 basename명령은 고정 .fasta확장만 제거합니다. 제가 아는 한 변수 패턴은 제거할 수 없습니다.

그러나 GNU parallel는Perl 표현식 대체 문자열basename이전보다 더욱 강력해진 시설. 주어진

$ ls *_chrm.part*.fasta
ERR358546_chrm.part-2.fasta  ERR358546_chrm.part-5.fasta  ERR358546_chrm.part-8.fasta
ERR358546_chrm.part-3.fasta  ERR358546_chrm.part-6.fasta  ERR358546_chrm.part-9.fasta
ERR358546_chrm.part-4.fasta  ERR358546_chrm.part-7.fasta

그 다음에

$ parallel echo Result'{= s:_.*$:: =}' ::: *_chrm.part*.fasta
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546

대체는 s:_.*$::밑줄 뒤의 모든 것을 아무것도 대체하지 않습니다. 원래 명령으로 이식되었습니다.

time parallel ' 
  singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg \
  perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
  -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
  -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
  -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
  -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
  -cas -def G --meta \
  -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result'{= s:_.*$:: =}' \
  -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}
' ::: *_chrm.part*.fasta

부품 색인을 캡처하고 포함하려면 표현식을 다음과 같이 수정할 수 있습니다.

Result'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:_$1: =}'

또는

'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:Result_$1: =}'

예를 들어.

Question 2

귀하의 basename명령은 다음만 제거합니다 .fasta.

$ basename ERR358546_chrm.part-1.fasta .fasta
ERR358546_chrm.part-1

시퀀스 이름만 얻으려면 더 많은 시퀀스 이름을 삭제해야 하며, part변경된 번호 때문에 그렇게 할 수 없습니다 basename. 그러나 셸 자체를 사용하여 첫 번째 시퀀스 이름 이후의 모든 항목을 삭제할 수 있습니다 _.

$ name="ERR358546_chrm.part-1.fasta"
$ newName="${name%%_*}"
$ echo "$newName"
ERR358546

다음으로는 실제로 사용해 보아야 합니다. 당신은 그것을 가지고 있지만 dossierSortie=$(basename -s .fasta {})실제로는 그것을 사용하지 않습니다 $dossierSortie. this 을 사용하고 있으므로 모든 입력 파일 이름을 parallel대체하므로 {}먼저 이를 쉘 변수로 저장한 다음 위의 대체를 적용해야 합니다.

parallel ... 'name="{}"; dossierSortie="${name%%_*}"

따라서 원하는 작업이 수행되어야 합니다.

time parallel 'name={}; dossierSortie="${name%%_*}"; \
     singularity exec -B "$PWD" \
    /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
    -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
    -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
    -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
    -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
    -cas -def G --meta \
    -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result"${dossierSortie}" \
    -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}' ::: *_chrm.part*.fasta

또는 개행 문자로 인해 혼란스러우면 한 줄로 입력하세요.

time parallel 'name={}; dossierSortie="${name%%_*}"; singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv -cas -def G --meta -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result"${dossierSortie}" -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}' ::: *_chrm.part*.fasta

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