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파일의 한 열에 있는 일치하는 항목을 다른 파일의 다른 열로 바꿉니다.

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파일의 한 열에 있는 일치하는 항목을 다른 파일의 다른 열로 바꿉니다.

다음과 같이 탭으로 구분된 두 개의 파일이 있습니다.

파일 1:

NC_008146.1     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
NC_008146.1     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
NC_008146.1     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
NC_008705.1     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
NC_008705.1     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
NC_008705.1     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
NC_009077.1     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
NC_009077.1     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
NC_009077.1     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

파일 2:

NC_008146.1     GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa
NC_008705.1     GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa
NC_009077.1     GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa

file1의 열 1을 file2와 일치시키고 해당 열을 file2의 해당 열 2 항목으로 바꾸고 싶습니다. 출력은 다음과 같습니다.

GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

답변1

파일이 정렬되었다고 가정하면 awk가 필요하지 않으며 coreutils Join을 사용할 수 있습니다.

join -o '2.2 1.2 1.3 1.4 1.5' file1 file2

산출:

GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

파일이 정렬되지 않은 경우 먼저 정렬( sort file1 > file1.sorted; sort file2 > file2.sorted)한 다음 위의 명령을 사용하거나, 쉘이 해당 <()구성을 지원하는 경우(bash는 지원) 다음을 수행할 수 있습니다.

join -o '2.2 1.2 1.3 1.4 1.5' <(sort file1) <(sort file2)

답변2

다음을 사용하면 쉽게 이 작업을 수행할 수 있습니다 awk.

$ awk 'NR==FNR{a[$1]=$2; next}{$1=a[$1]; print}' file2 file1
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa WP_011558474.1 1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa WP_011558475.1 1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa WP_011558476.1 1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa WP_011558474.1 1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa WP_011558475.1 1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa WP_011558476.1 1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa WP_011559727.1 2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa WP_011854835.1 1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa WP_011854836.1 1164127 1164636 7

또는 탭으로 구분된 파일처럼 보이기 때문에:

$ awk -vOFS="\t" 'NR==FNR{a[$1]=$2; next}{$1=a[$1]; print}' file2 file1
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa   WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa   WP_011558475.1  1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa   WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa   WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa   WP_011558475.1  1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa   WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa   WP_011559727.1  2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa   WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa   WP_011854836.1  1164127 1164636 7

이는 NC_*각 RefSeq() id 에 file1해당하는 항목이 있다고 가정합니다 file2.

설명하다

  • NR==FNR: NR은 현재 줄 번호, FNR은 현재 파일의 줄 번호입니다. 두 파일은 file2첫 번째 파일(여기)을 읽는 경우에만 동일합니다.
  • a[$1]=$2; next: 이것이 첫 번째 파일인 경우(위 참조) 키가 첫 번째 필드인 배열에 두 번째 필드를 저장합니다. 그런 다음 계속 진행하세요 next. 이렇게 하면 첫 번째 파일이 다음 블록을 실행하지 않게 됩니다.
  • {$1=a[$1]; print}: 이제 두 번째 파일에서 첫 번째 필드를 첫 번째 필드 배열에 저장된 값 a(즉, 의 관련 값 file2)으로 설정하고 결과 행을 인쇄합니다.

답변3

다음 명령을 사용하여 테스트했는데 정상적으로 작동했습니다.

for i in `awk '{print $1}' f2`; do k=`awk -v i="$i" '$1==i {print $2}' f2`;sed  "/$i/s/$i/$k/g" f1 >f3;done

산출

for i in `awk '{print $1}' f2`; do k=`awk -v i="$i" '$1==i {print $2}' f2`;sed  "/$i/s/$i/$k/g" f1 >f3;done


GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

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