bash는 다른 파일의 일치를 기반으로 특정 파일을 폴더로 이동합니다.

.vcfvariants folderID가 있는 폴더 에 각 파일을 mv하려고 합니다 . in은 항상 변형 폴더에서 a의 ID를 갖습니다. 로 시작하는 줄은 항상 의 폴더와 정확히 일치합니다. 에는 폴더가 여러 개 있을 수 있지만 에서는 일치하는 폴더가 하나만 있습니다. 여러 개의 ID가 있을 수도 있지만 ./home/cmccabe/f2.vcffile$2file.vcffileR_2019-v5.6/home/cmccabe/f2/home/cmccabe/f2file.vcf/home/cmccabe/f1/variants

/home/cmccabe/f2의 폴더와 의 폴더 R_2019간에 일치하는 항목이 발견 되면 file의 ID가 검색 $2됩니다 . 그런 다음 각 파일은 새 하위 폴더 의 일치하는 폴더 로 이동됩니다. 실행은 되지만 파일은 이동되지 않습니다. 감사해요:)./home/cmccabe/f1/variants.vcf.vcf/home/cmccabe/f2variantsbash

문서/home/cmccabe/f1에서

IonCode_0007 19-0004-La-Fi
IonCode_0009 19-0005-Last-Firs
IonCode_0013 190320-Control
R_2019_03_12_13_59_54_user_S5-0271-100-v5.6_xxx_xxx_xxx_xxx_xx_x_xxx

변형 폴더존재하다/home/cmccabe/f1

19-0004-La-Fi.vcf
19-0005-Last-Firs.vcf
190320-Control.vcf

현재 구조~의/home/cmccabe/f2

R_2019_03_12_13_59_54_user_S5-0271-100   ---parent directory ---
   - bam    --- sub-folder ---
   - qc     --- sub-folder ---

필요한 구조~의/home/cmccabe/f2

R_2019_03_12_13_59_54_user_S5-0271-100   ---parent directory ---
   - bam    --- sub-folder ---
   - qc     --- sub-folder ---
   - variants    --- new sub-folder ---
     - 19-0004-La-Fi.vcf
     - 19-0005-Last-Firs.vcf
     - 190320-Control.vcf

타격 가능성

for file in /home/cmccabe/f1/variants/*.vcf ; do
  # Grab file prefix
  bname=$(basename $file) # strip of path
  VCF="$(echo $bname|cut -d. -f1)" # remove .vcf extension
  f=$(printf '%s' /home/cmccabe/f1/file/${VCF})  ## # Find matching id
  FILE2=$(awk '{print $2}' $f) # set VCF lookup to column
    for RDIR in /home/cmccabe/f1/file/R_2019* ; do FOLDER=${RDIR%%-v5.6*}; done  ## trim R_2019 line in file from -v5.6 and store in FOLDER
  if [[ $VCF = $FILE2 ]] # only execute file on match
  then
      mkdir -p /home/cmccabe/f2/$FOLDER/variants  ## create variants sub-folder
       mv /home/cmccabe/f1/file/$VCF /home/cmccabe/f2/$FOLDER/variants  ## move vcf to folder
  fi  ## end if
done  ## close loop