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한 파일에서 다른 파일로 유사한 문자열의 일부를 추가하는 방법

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한 파일에서 다른 파일로 유사한 문자열의 일부를 추가하는 방법

다음과 같은 txt 데이터가 있습니다(df1.txt).

>tr|A0A1B1L9R9|A0A1B1L9R9_BACTU 
MNKQLFLASLKETQKSILSYACGAALYLWLLIWIFPSMVSAKGLNELIAAMPDSVKKIVG
MESPIQNVMDFLAGEYYSLLFIIILTIFCVTVATHLIARHVDKGAMAYLLATPVSRVQIA
ITQATVLILGLLIIVSVTYVAGLVGAEWFLQDNNLNKELFLKINIVGGLIFLVVSAYSFF
FSCICNDERKALSYSASLTILFFVLDMVGKLSDKLEWMKNLSLFTLFRPKEIAEGAYNIW
PVSIGLIAGALCIFIVAIVVFKKRDLPL
>sp|O15304|SIVA_HUMAN 
MPKRSCPFADVAPLQLKVRVSQRELSRGVCAERYSQEVFEKTKRLLFLGAQAYLDHVWDE
GCAVVHLPESPKPGPTGAPRAARGQMLIGPDGRLIRSLGQASEADPSGVASIACSSCVRA
VDGKAVCGQCERALCGQCVRTCWGCGSVACTLCGLVDCSDMYEKVLCTSCAMFET

다음과 같은 txt 데이터가 있습니다(df2.txt).

tr|A0A1B1L9R9|A0A1B1L9R9_BACTU ABC transporter permease OS=Bacillus thuringiensis OX=1428 GN=berB PE=4 SV=1
sp|O15304|SIVA_HUMAN Apoptosis regulatory protein Siva OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SIVA1 PE=1 SV=2

유사한 정보를 기반으로 병합하고 싶기 때문에 다음과 같은 출력을 원합니다.

>tr|A0A1B1L9R9|A0A1B1L9R9_BACTU ABC transporter permease OS=Bacillus thuringiensis OX=1428 GN=berB PE=4 SV=1
MNKQLFLASLKETQKSILSYACGAALYLWLLIWIFPSMVSAKGLNELIAAMPDSVKKIVG
MESPIQNVMDFLAGEYYSLLFIIILTIFCVTVATHLIARHVDKGAMAYLLATPVSRVQIA
ITQATVLILGLLIIVSVTYVAGLVGAEWFLQDNNLNKELFLKINIVGGLIFLVVSAYSFF
FSCICNDERKALSYSASLTILFFVLDMVGKLSDKLEWMKNLSLFTLFRPKEIAEGAYNIW
PVSIGLIAGALCIFIVAIVVFKKRDLPL
>sp|O15304|SIVA_HUMAN Apoptosis regulatory protein Siva OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SIVA1 PE=1 SV=2
MPKRSCPFADVAPLQLKVRVSQRELSRGVCAERYSQEVFEKTKRLLFLGAQAYLDHVWDE
GCAVVHLPESPKPGPTGAPRAARGQMLIGPDGRLIRSLGQASEADPSGVASIACSSCVRA
VDGKAVCGQCERALCGQCVRTCWGCGSVACTLCGLVDCSDMYEKVLCTSCAMFET

나는 성공하지 못하고 이것을 시도하고 있습니다. 어떤 아이디어가 있습니까?

cat df1.txt | seqkit replace -k df2.txt -p '(.+)' -r '$1 {kv}'

답변1

awk에서는 다음과 같은 작업을 수행할 수 있습니다.

awk '
  NR==FNR {a[">"$1] = ">"$0; next} $1 in a {$1 = a[$1]} 1
' df2.txt df1.txt

전임자.

$ awk 'NR==FNR {a[">"$1] = ">"$0; next} $1 in a {$1 = a[$1]} 1' df2.txt df1.txt 
>tr|A0A1B1L9R9|A0A1B1L9R9_BACTU ABC transporter permease OS=Bacillus thuringiensis OX=1428 GN=berB PE=4 SV=1
MNKQLFLASLKETQKSILSYACGAALYLWLLIWIFPSMVSAKGLNELIAAMPDSVKKIVG
MESPIQNVMDFLAGEYYSLLFIIILTIFCVTVATHLIARHVDKGAMAYLLATPVSRVQIA
ITQATVLILGLLIIVSVTYVAGLVGAEWFLQDNNLNKELFLKINIVGGLIFLVVSAYSFF
FSCICNDERKALSYSASLTILFFVLDMVGKLSDKLEWMKNLSLFTLFRPKEIAEGAYNIW
PVSIGLIAGALCIFIVAIVVFKKRDLPL
>sp|O15304|SIVA_HUMAN Apoptosis regulatory protein Siva OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SIVA1 PE=1 SV=2
MPKRSCPFADVAPLQLKVRVSQRELSRGVCAERYSQEVFEKTKRLLFLGAQAYLDHVWDE
GCAVVHLPESPKPGPTGAPRAARGQMLIGPDGRLIRSLGQASEADPSGVASIACSSCVRA
VDGKAVCGQCERALCGQCVRTCWGCGSVACTLCGLVDCSDMYEKVLCTSCAMFET

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