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Newick 형식으로 계통 발생수의 이름 편집 [닫기]

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Newick 형식으로 계통 발생수의 이름 편집 [닫기]

Newick 형식의 계통발생수가 있는데 분류군 이름의 일부 조각을 제거하고 싶습니다.

1_[genus_specie_1]_characters:0.2654682758,(((((((((((((((2_[genus_specie_2]_characters:0.0379334280,54_[genus_specie_2]_characters:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(3_[genus_specie_3]_characters:0.0206432295,4_[genus_specie_4]_characters:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,30_[genus_specie_5]_characters

예를 들어 대괄호 안의 조각을 제거하고 싶습니다.

genus_specie_1:0.2654682758,(((((((((((((((genus_specie_2:0.0379334280,genus_specie_2:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(genus_specie_3:0.0206432295,genus_specie_4:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,genus_specie_5

모든 대괄호를 제거하기 위해 라이너 펄을 사용해 보았습니다.

perl -i -pe 'y/[]//d' file.nwk

나는 또한 다음 sed 명령을 시도했습니다

sed 's/[[:alnum:]_]*\[\([[:alnum:]_]*\)\][[:alnum:]_]*/\1/g'

하지만 작동하지 않습니다

답변1

Perl 정규식은 여기서 훌륭하게 작동합니다.

$ initial='1_[genus_specie_1]_characters:0.2654682758,(((((((((((((((2_[genus_specie_2]_characters:0.0379334280,54_[genus_specie_2]_characters:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(3_[genus_specie_3]_characters:0.0206432295,4_[genus_specie_4]_characters:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,30_[genus_specie_5]_characters'
$ expected='genus_specie_1:0.2654682758,(((((((((((((((genus_specie_2:0.0379334280,genus_specie_2:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(genus_specie_3:0.0206432295,genus_specie_4:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,genus_specie_5'

$ result=$( perl -pe 's/\d+_\[(.+?)\]_.*?(?=:|$)/$1/g' <<<"$initial" )

$ [[ $result = $expected ]] && echo yes
yes

비탐욕적 수량자( .*?)와 예측( (?=:|$))을 사용합니다.

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