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다른 파일과 일치하는 줄을 찾아 별도의 파일에 저장

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다른 파일과 일치하는 줄을 찾아 별도의 파일에 저장

내 인구 프로필은 다음과 같습니다

pop.file
HG1W
HG2W
HG3W
HG4W
...

또 다른 파일에는 개인 ID(각 개인당 2개의 행, R1 및 R2)가 포함되어 있습니다.

ind.file
HI.2613.007.Index_18.ED17_HG1W26-7_353_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_18.ED17_HG1W26-7_353_R2.fastq.gz
HI.2613.007.Index_14.ED14_HG1W35-2_310_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_14.ED14_HG1W35-2_310_R2.fastq.gz
HI.2622.001.Index_16.ED16_HG2W9-3_342_R1.fastq.gz
HI.2622.001.Index_16.ED16_HG2W9-3_342_R2.fastq.gz
HI.2613.007.Index_1.ED1_HG2W12-3_33_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_1.ED1_HG2W12-3_33_R2.fastq.gz
...

각 모집단의 개인을 별도의 파일에 저장하고 다음과 같은 출력 파일을 얻고 싶습니다.

head HG1.population
HI.2613.007.Index_18.ED17_HG1W26-7_353_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_18.ED17_HG1W26-7_353_R2.fastq.gz
HI.2613.007.Index_14.ED14_HG1W35-2_310_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_14.ED14_HG1W35-2_310_R2.fastq.gz


head HG2.population
HI.2622.001.Index_16.ED16_HG2W9-3_342_R1.fastq.gz
HI.2622.001.Index_16.ED16_HG2W9-3_342_R2.fastq.gz
HI.2613.007.Index_1.ED1_HG2W12-3_33_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_1.ED1_HG2W12-3_33_R2.fastq.gz

답변1

그리고 awk:

awk -F_ '
  NR==FNR {ind[substr($1,1,3)]++} 
  {i = substr($3,1,3); f = i ".population"} 
  i in ind {print >> f; close(f)}
' pop.file ind.file

그 다음에

$ head HG*
==> HG1.population <==
HI.2613.007.Index_18.ED17_HG1W26-7_353_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_18.ED17_HG1W26-7_353_R2.fastq.gz
HI.2613.007.Index_14.ED14_HG1W35-2_310_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_14.ED14_HG1W35-2_310_R2.fastq.gz

==> HG2.population <==
HI.2622.001.Index_16.ED16_HG2W9-3_342_R1.fastq.gz
HI.2622.001.Index_16.ED16_HG2W9-3_342_R2.fastq.gz
HI.2613.007.Index_1.ED1_HG2W12-3_33_R1.fastq.gz
HI.2613.007.Index_1.ED1_HG2W12-3_33_R2.fastq.gz

답변2

이 시도,

for i in `cat pop.file | cut -c -3`
do
    grep $i ind.file > $i.population
done

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