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행 이름의 일부를 샘플 이름으로 바꾸기

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행 이름의 일부를 샘플 이름으로 바꾸기

p1_500sc.fasta, p2_500sc.fasta라는 이름의 여러 샘플이 있습니다. 각 파일은 다음과 같습니다.

>NODE_60_length_504_cov_1.580902
TATATCGCCGTAGATAGACGAATACGGGATTTTGAAATGACTGATATATTCAAGCACATC
CTGTTCAGTCCAAAATGACATCGGCTTCGATTTCGGGATTGCCCCCGCAAAGTTGTTACA
>NODE_61_length_503_cov_4.457447
GATATGGGCCGGTGAGCATGCTGTCACATTTTGGGCAGGTGCCGAGGATTATGAGCTCGT
CTTCCGGCGTCAACGCTTGTTCGTTGCGTCTGGTGATGTGTTCCAGAGCGGCATAGTCGT
>NODE_62_length_500_cov_4.037534
CTCGTTCTTGCACTCCTGAATGAAGCGAATCTCTGACGAGGGTATTCCATAATCCTCTAT
CAGCTTACGCTTGATTTCTG
>NODE_63_length_500_cov_1.718499
GGAGGATATCAATGCCCTTATACTGCTTCTCAACAGTAGGAGTAATGCGGATACCCAAAA
CGGTCTTAGGGTTCTCCAGCAACTTCATGGCATTCCAACGCTTCAAGTCATCCATGCGGA
AGCCTTCGGCT

보시다시피 NODE 문구가 있습니다. 각 파일에 대해 예제 이름에서 파일 지정자의 "NODE"를 변경하고 싶습니다: p1/p2/p100...pn

p1_500sc.fasta 파일의 출력은 다음과 같습니다.

>p1_60_length_504_cov_1.580902
TATATCGCCGTAGATAGACGAATACGGGATTTTGAAATGACTGATATATTCAAGCACATC
CTGTTCAGTCCAAAATGACATCGGCTTCGATTTCGGGATTGCCCCCGCAAAGTTGTTACA
>p1_61_length_503_cov_4.457447
GATATGGGCCGGTGAGCATGCTGTCACATTTTGGGCAGGTGCCGAGGATTATGAGCTCGT
CTTCCGGCGTCAACGCTTGTTCGTTGCGTCTGGTGATGTGTTCCAGAGCGGCATAGTCGT
>p1_62_length_500_cov_4.037534
CTCGTTCTTGCACTCCTGAATGAAGCGAATCTCTGACGAGGGTATTCCATAATCCTCTAT
CAGCTTACGCTTGATTTCTG
>p1_63_length_500_cov_1.718499
GGAGGATATCAATGCCCTTATACTGCTTCTCAACAGTAGGAGTAATGCGGATACCCAAAA
CGGTCTTAGGGTTCTCCAGCAACTTCATGGCATTCCAACGCTTCAAGTCATCCATGCGGA
AGCCTTCGGCT

p123_500sc.fasta 파일의 경우

>p123_2_length_456_cov_4.453333
GATATGGGCCGGTGAGCATGCTGTCACATTTTGGGCAGGTGCCGAGGATTATGAGCTCGT
CTTCCGGCGTCAACGCTTGTTCGTTGCGTCTGGTGATGTGTTCCAGAGCGGCATAGTCGT
>p123_356_length_3_cov_4.037908
CTCGTTCTTGCACTCCTGAATGAAGCGAATCTCTGACGAGGGTATTCCATAATCCTCTAT
CAGCTTACGCTTGATTTCTG

다른 샘플에서도 마찬가지입니다. 샘플은 p1에서 시작하여 p150에 도달할 수 있습니다.

답변1

bash+sed해결책:

for f in p[0-9]*.fasta; do
    pfx="${f%%_*}"
    sed -i "s/^>NODE/>$pfx/" "$f"
done
  • pfx="${f%%_*}"_- 결과를 변수에 할당 할 때까지 파일 이름의 오른쪽 부분을 자릅니다.pfx
  • sed -i "s/^>NODE/>$pfx/"-부분 >NODE문자열을 변수로 대체$pfx

답변2

GNU를 사용하면 awk단일 명령 호출로 이 작업을 수행할 수 있습니다.

gawk -i /usr/share/awk/inplace.awk -F_ -v OFS=_ '
  BEGINFILE {
    node = FILENAME
    sub(".*/", "", node)
    sub("_.*", "", node)
  }
  $1 == ">NODE" {$1 = ">" node}
  {print}' ./p*_*.fasta

어떤 경우 에라도,사용하지 마세요-i inplace현재 작업 디렉터리(as or)에서 확장 기능을 먼저 gawk로드 하려고 하면 누군가가 해당 디렉터리에 악성 코드를 심었을 수 있습니다. 시스템과 함께 제공되는 확장 프로그램 의 경로 는 다를 수 있습니다. 출력을 참조하세요.inplaceinplaceinplace.awkinplacegawkgawk 'BEGIN{print ENVIRON["AWKPATH"]}'

답변3

이것은 각 파일을 반복하고 파일 이름의 밑줄 앞의 모든 것을 변수에 할당한 다음 sample파일의 >NODEfor를 다음으로 바꿉니다.$samplesed

for file in /path/to/files/*;do
  sample=$(echo "${file}" | sed s/_.*//)
  sed -i "s/^>NODE/${sample}/" ${file}
done

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