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문자열 연결이 작동하지 않습니다

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문자열 연결이 작동하지 않습니다 
DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" -` by itself produces `DAStrim -g20 -b25

내 목표는 awk '{print $1 " " $2 " "$3 " $db $i"}'이전 결과를 전체 명령과 결합하여 이를 출력 파일로 파이프하는 것입니다 > $(basename $i .las).DAStrim.

불행히도 다음 코드를 사용하는 bananaDB ./bananaDB.100.las대신 결과만 얻습니다 .DAStrim -g20 -b25 bananaDB ./bananaDB.100.las

#!/bin/bash

db=bananaDB
H=6973
cov=38

for i in $(find . -type f -name "*.*.las");
do
  #cat <<EOF
  qsub <<EOF

#!/bin/bash -l

#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=1G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

cd \$PBS_O_WORKDIR

source activate thegenemyers


DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" - | awk '{print $1 " " $2 " "$3 " $db $i"}' > $(basename $i .las).DAStrim

EOF

done

고쳐 쓰다

DASqv -v -H$H -c$cov $db $i

생산:

DASqv -c38 bananaDB ./bananaDB.100.las

Input:   16,450reads,   210,758,575 bases (another 9,934 were < H-length)

Histogram of q-values (average 10 best)

                 Input                 QV

    50:    1494189    0.2%       380302   18.0%

    49:     364713    0.0%          484    0.0%
    48:     545846    0.1%          423    0.1%
    47:     650479    0.2%          466    0.1%
    46:     835282    0.3%          548    0.1%
    45:    1054589    0.4%          648    0.1%
    44:    1299423    0.5%          775    0.2%
    43:    1644281    0.7%          895    0.2%
    42:    2036915    0.9%         1193    0.3%
    41:    2571126    1.2%         1334    0.4%
    40:    3518594    1.5%         1647    0.5%
    39:    3641660    1.9%         2046    0.6%
    38:    5026473    2.4%         2291    0.7%
    37:    6243982    3.1%         2708    0.9%
    36:    7600704    3.9%         3301    1.1%
    35:    9313754    4.9%         4002    1.3%
    34:   11257936    6.0%         4676    1.6%
    33:   13508338    7.5%         5544    1.9%
    32:   15981847    9.1%         6552    2.3%
    31:   18648809   11.1%         7771    2.7%
    30:   22290239   13.4%         9124    3.3%
    29:   25083448   16.0%        10624    3.9%
    28:   29566164   19.1%        12874    4.6%
    27:   33339712   22.6%        15482    5.5%
    26:   37891335   26.6%        18869    6.6%
    25:   44146531   31.2%        23307    7.9%
    24:   44948068   35.9%        28142    9.5%
    23:   50951224   41.3%        33590   11.5%
    22:   55009718   47.1%        42157   13.9%
    21:   57456151   53.1%        52181   16.9%
    20:   60635065   59.4%        63207   20.6%
    19:   58423422   65.6%        76426   25.0%
    18:   58472922   71.7%        91565   30.2%
    17:   55127848   77.5%       107289   36.4%
    16:   50395382   82.7%       123758   43.6%
    15:   43893354   87.3%       136465   51.4%
    14:   36509552   91.2%       145632   59.8%
    13:   28654550   94.2%       145540   68.2%
    12:   21245809   96.4%       138232   76.2%
    11:   14560980   97.9%       121403   83.2%
    10:    9345155   98.9%        98071   88.8%
     9:    5395169   99.5%        73996   93.1%
     8:    2894210   99.8%        52246   96.1%
     7:    1335673   99.9%        33845   98.0%
     6:     581470  100.0%        19476   99.2%
     5:     201756  100.0%         9367   99.7%
     4:      76322  100.0%         3760   99.9%
     3:      18979  100.0%         1082  100.0%
     2:       4751  100.0%          264  100.0%
     1:        456  100.0%           41  100.0%
     0:       2686  100.0%           38  100.0%

  Recommend 'DAStrim -g20 -b25'

내가 놓친 게 무엇입니까?

미리 감사드립니다.

답변1

필요한 것보다 일을 더 어렵게 만들고 있으며 공백 및 인용 문제에 직면하고 있습니다. 다음을 시도해 보세요:

1 단계:명령줄에 적절한 매개변수와 파일 이름을 지정하여 하나 이상의 데이터 파일에 대해 원하는 작업을 수행하는 독립 실행형 스크립트를 만듭니다.

#!/bin/sh

# use the first 3 arguments for the values to pass to DASqv
db="$1"
H="$2"
cov="$3"

# use shift to get rid of them once we have them in variables, ...
shift 3

# ... so we can loop over the remaining filenames (1 or more) on the command line
for filename in "$@" ; do
  outfile="$(basename "$filename" .las).DAStrim"
  qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=30G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

cd "\$PBS_O_WORKDIR"

source activate thegenemyers

DASqv -v -H"$H" -c"$cov" "$db" "$filename" | 
  sed -n -e '/Recommend/ {
               s/Recommend //;
               s/\x27//g;
               s:$: "$db" "$filename":;
               p
             }' > "$outfile"

EOF

done

( sed중간에 있는 스크립트는 모두 한 줄에 있을 수 있지만 추가 줄 바꿈 및 들여쓰기를 사용하면 기능/실행 방식을 변경하지 않고도 더 쉽게 읽을 수 있습니다. 또한 16진수를 사용하여 \x27모든 한 줄 인용 문자를 제거 하려면 주의하세요. 0x27ASCII 작은따옴표 문자 표현)

예를 들어 저장 submit-jobs.sh하고 실행 가능하게 만드십시오 chmod +x submit-job.sh.

2 단계:시험을 받다

스크립트를 사용하여 작업을 수동으로 제출하여 스크립트가 원하는 작업을 수행하는지 테스트합니다. 예를 들어 다음을 실행합니다.

/path/to/submit-jobs.sh bananaDB 6973 38 /path/to/somefile.las

필요한 경우 요구 사항을 정확히 충족할 때까지 스크립트를 수정합니다.

3단계:이제 find스크립트를 사용하여 여러 작업을 제출합니다.

find . -type f -name '*.las' -exec /path/to/submit-jobs.sh bananaDB 6973 38 {} +

4단계:find ...(선택 사항) 3단계를 다른 매개 변수로 실행할 수 있는 스크립트로 변환하면 약간 다른 값으로 다시 실행해야 할 때마다 명령을 입력할 필요가 없습니다. 예를 들어

#!/bin/sh
find . -type f -name '*.las' -exec /path/to/submit-jobs.sh "$1" "$2" "$3"

다른 이름으로 저장 find-and-submit.sh하고 chmod +x다음을 사용하여 실행 가능하게 만드는 경우:

find-and-submit.sh bananaDB 6973 38

이 4단계 스크립트는 변수에 대한 for 루프를 제공할 수도 있으므로 예를 들어 매개변수 중 하나가 $cov아니더라도 값이 35~45인 작업을 제출할 수 있습니다.$cov

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