HPC에 6490개의 작업을 제출했습니다.
> ls -1 split-data/*.fasta | wc -l
6490
> ls -1 split-data/*.fasta
split-data/utg000001l.fasta
split-data/utg000002l.fasta
split-data/utg000003l.fasta
split-data/utg000004l.fasta
split-data/utg000005l.fasta
안타깝게도 93개의 일자리가 보류되었습니다.
> qjobs | grep racon
5240703 racon-3/utg001564l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :03
5241418 racon-3/utg002276l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :02
5241902 racon-3/utg002759l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :03
...
racon
이제 93개의 보류 작업을 다시 제출하고 이를 위해 성공적으로 완료된 입력 파일을 삭제하고 싶습니다 .
다음 명령은 삭제하고 싶지 않은 파일을 찾습니다.
qjobs | grep "racon" | awk '{ print $2 }' | sed 's|racon-3/||' | sed 's|-racon-3||'
utg001564l.fasta
utg002276l.fasta
utg002759l.fasta
utg002919l.fasta
utg003133l.fasta
...
위 명령을 결합하여 rm
역방향 일치 삭제를 수행하려면 어떻게 해야 합니까?
미리 감사드립니다
답변1
ls -1 split-data/*.fasta | cut -d/ -f2 |sort > /tmp/total
qjobs | grep "racon" | awk '{ print $2 }' | sed 's|racon-3/||' | sed 's|-racon-3||' | sort > /tmp/dnot
comm -23 /tmp/total /tmp/dnot |
xargs printf 'split-data/%s\n' |
xargs -l -t rm