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awk 또는 Perl을 사용하여 문자열에서 특정 패턴을 제거하는 방법은 무엇입니까?

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awk 또는 Perl을 사용하여 문자열에서 특정 패턴을 제거하는 방법은 무엇입니까?

[gene=xyzI]다음과 같은 항목이 여러 개 있는 경우 패턴만 제거하려면 어떻게 해야 합니까?

>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [gene=mscL] [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]

내 출력은 다음과 같습니다.

>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]

답변1

간단한 교체를 위해 -sed충분할 것입니다:

sed -E 's/\[gene=[a-z]{3}[A-Z]\] *//' file

산출:

>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]

파일 수정"제자리에"- 추가된 -i옵션:sed -i ....

답변2

그리고 GNU awk:

$ echo '>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [gene=mscL] [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]'  | awk '{$0=gensub(/\s*\S+/,"",2)}1'
>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]

이 작업은 다음을 통해 수행할 수도 있습니다 cut.

$ echo '>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [gene=mscL] [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]'  | cut -d' ' -f1,3-
>lcl|NZ_CP018664.1_gene_628 [locus_tag=AUO97_RS03160] [location=complement(694895..695326)]

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