7개의 fastQ 파일 인터리브

Question 1

인터리브가 무엇을 의미하는지 잘 모르겠지만, 예제에서처럼 각 파일의 처음 네 줄을 연결하려면 해당 줄을 반복하고 다음을 사용하세요 head.

for f in ./File[1-7] ; do
    head -n 4 "$f"
done > output.file

(유사한 소스 패턴을 사용하는 경우 File*출력 이름을 지정하지 마세요 File.out. 출력 이름이 루프의 glob 패턴과 일치하면 소스 파일로 처리되어 첫 번째 파일의 줄을 두 번 가져옵니다. )

@steeldriver가 주석에서 지적했듯이 GNU coreutils를 사용하면 루프가 필요하지 않습니다. 다음을 수행할 수 있습니다.

head -qn 4 ./File[1-7]

( -q아니요기준.)

Answer

인터리브가 무엇을 의미하는지 잘 모르겠지만, 예제에서처럼 각 파일의 처음 네 줄을 연결하려면 해당 줄을 반복하고 다음을 사용하세요 head.

for f in ./File[1-7] ; do
    head -n 4 "$f"
done > output.file

(유사한 소스 패턴을 사용하는 경우 File*출력 이름을 지정하지 마세요 File.out. 출력 이름이 루프의 glob 패턴과 일치하면 소스 파일로 처리되어 첫 번째 파일의 줄을 두 번 가져옵니다. )

@steeldriver가 주석에서 지적했듯이 GNU coreutils를 사용하면 루프가 필요하지 않습니다. 다음을 수행할 수 있습니다.

head -qn 4 ./File[1-7]

( -q아니요기준.)

Question 2

다음 perl스크립트는 명령줄에 지정된 각 파일을 열고 각 파일의 파일 핸들을 배열에 저장합니다. 그런 다음 파일에 읽지 않은 줄이 남지 않을 때까지 한 번에 최대 4줄을 반복적으로 읽고 인쇄합니다(매번 EOF를 확인하고 $numopen파일의 EOF에 도달할 때마다 카운터를 감소).

perl종료 시 열려 있는 모든 파일이 자동으로 닫히므로 파일 핸들을 닫을 필요가 없습니다 .

#!/usr/bin/perl

use strict;

my @filehandles=();
my $files=0;

# open each input file
foreach my $filename (@ARGV) {
  open($filehandles[$files++], "<", $filename) || 
    die "Couldn't open '$filename': $!";
}

$files--;
my $numopen = $files;

# print up to 4 lines at a time from each file
while ($numopen > 0) {
  for my $i (0..$files) {
    if (!eof($filehandles[$i])) {
      for (1..4) {
        if (!eof($filehandles[$i])) {
          print scalar readline($filehandles[$i]);
        } else {
          $numopen--;
        }
      }
    }
  }
}

예를 들어 이 스크립트를 interleave4.pl실행 가능하게 만들고 chmod +x interleave4.pl다음과 같이 실행하십시오../interleave4.pl File[1-7]

스크립트는 다음 bash one-liner를 사용하여 7개의 파일을 생성하여 테스트되었습니다.

for i in {1..7}; do printf "File$i %s\n" {1..10} > "File$i"; done

그런 다음 일부 파일을 편집하여 스크립트가 상황을 적절하게 처리할 수 있도록 동일한 수(10)의 줄을 갖지 않도록 했습니다(그렇게 했습니다. 불평 없이 다음 파일로 이동했습니다). 마찬가지로 줄 수가 4로 나누어지지 않는 입력 파일을 처리하는 데 문제가 없습니다.

참고: 이 스크립트는 메인 루프를 통해 매번 인쇄할 줄 수가 4로 하드 코딩되지 않고 명령줄의 옵션으로 표시되도록 쉽게 수정할 수 있습니다.

Answer