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Linux에서 Kegg 매퍼 출력을 다시 포맷하는 방법은 무엇입니까?

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Linux에서 Kegg 매퍼 출력을 다시 포맷하는 방법은 무엇입니까?

kegg reconstruct pathway출력을 다시 포맷해야 합니다 . file1에는 다음과 같은 내용이 있습니다.

00550 Peptidoglycan biosynthesis (2)

K01000

K02563

00511 Other glycan degradation (8) K01190   K01191

K01192

K01201

K01227

K12309

file2에 다음과 같은 것이 필요합니다.

00550 Peptidoglycan biosynthesis (2)   K01000   K02563
00511 Other glycan degradation (6)   K01190   K01191   K01192   K01201   K01227   K12309

Linux 또는 Python에서 어떻게 다시 포맷합니까?

감사해요

답변1

이것이 당신에게 얼마나 도움이 될까요?

awk '
!NF             {next                                                   # don"t process empty lines
                }
/^[0-9]+ /      {sub (/\([0-9]*\)/, "(" CNT ")", PRT)                   # for the "glycan" lines (leading numerical)
                                                                        # correct the count in parentheses
                 if (PRT) print PRT                                     # print the PRT buffer (NOT first line when empty)
                 PRT = ""                                               # empty it after print
                 CNT = gsub (/K[0-9]*/, "&") - 1                        # get this line"s "K..." count, corr.for later incr.
                }
                {PRT = sprintf ("%s%s%s", PRT, PRT?" ":"", $0)          # append this line to buffer
                 CNT++                                                  # increment "K..." count
                }
END             {sub (/\([0-9]*\)/, "(" CNT ")", PRT)                   # see above
                 print PRT
                }
' file
00550 Peptidoglycan biosynthesis (2) K01000 K02563
00511 Other glycan degradation (6) K01190   K01191 K01192 K01201 K01227 K12309

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