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GlimmerHMM은 유전자 예측 중에 "분할 오류" 오류를 발생시킵니다.

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GlimmerHMM은 유전자 예측 중에 "분할 오류" 오류를 발생시킵니다.

유전자 예측을 위해 GlimmerHMM을 사용하려고 합니다. 모델 훈련이 성공적으로 완료되었지만 예측 중에 "분할 오류"가 발생했습니다.

command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g

답변1

저는 이 특정 프로그램에 대해 잘 모르지만 이 기사가 도움이 될 것입니다...

이 프로그램을 말씀하시는 것 같은데요쉬머 다운로드 페이지.

그렇다면... 소스에서 프로그램을 컴파일했습니까, 아니면 미리 컴파일된 64비트 버전을 얻었습니까?

아무런 옵션 없이 내 컴퓨터에서 컴파일된 프로그램을 실행하면 다음과 같은 옵션 메뉴가 표시됩니다.

USAGE:  ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options] 
Options:
-p file_name     If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name      Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name     Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2, ... , file_name.n f
-n n             Print top n best predictions
-g               Print output in gff format
-v               Don't use svm splice site predictions
-f               Don't make partial gene predictions
-h               Display the options of the program

프로그램의 사용 메뉴 지침은 명령줄 옵션 목록과 일치하는 것으로 보입니다.

따라서 몇 가지 가능성이 있습니다.

  1. 어찌됐든 프로그램 빌드에 문제가 있어 실행되지 않습니다. 라이브러리가 누락되었거나 뭔가가 있습니다.
  2. 지정된 디렉토리가 없습니다 Directory. 대신 다음과 같은 것을 지정해야 합니다.~/my_training_directory
  3. 32비트 컴퓨터에서 64비트 프로그램을 실행하려고 합니다.

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