저는 게놈 내의 유전적 요소를 탐지하는 TEBreak이라는 프로그램을 실행하려고 합니다. 그런데 실행할 때마다 다음과 같은 경고 메시지가 나타납니다.
경고: lastdb -4G /tmp/tebreak.concat.fa.b745d57e-0363-4bab-9a48-2aebf31ffd25.fa /tmp/tebreak.concat.fa.b745d57e-0363-4bab-9a48-2aebf31ffd25.fa를 유지할 수 없습니다.
경고: /tmp/tebreak.concat.fa.b745d57e-0363-4bab-9a48-2aebf31ffd25.fa에는 lastdb 인덱스가 없습니다.
이것이 정확히 무엇을 의미하나요? 임시 파일이나 lastdb에 문제가 있습니까?
프로그램의 Python 스크립트에 대한 링크는 다음과 같습니다.https://github.com/adamewing/tebreak/blob/master/tebreak/tebreak.py
오류 메시지에 대한 스크립트를 검색했습니다.
나는 프로그램 작성자에게 연락했고 그는 다음과 같이 제안했습니다.
Lastdb 문제는 전제 조건 누락으로 인해 발생할 수 있습니다. 죄송합니다. 몇 가지 문제가 있습니다... "lastdb"를 단독으로 실행하여 시스템에 있는지 확인하십시오.
lastdb를 확인하고 설치했지만 버전 정보를 찾을 수 없습니다. 이로 인해 차이가 발생합니까?
누구든지 이 오류와 이를 해결하기 위해 무엇을 할 수 있는지 알려줄 수 있습니까?
답변1
오류가 발생한 이유는파이썬함수 os.path.exists(path)는 를 반환합니다 False.
문서에 따르면 두 가지 이유가 있을 수 있습니다.
os.path.exists(path)
True경로가 기존 경로를 참조하는 경우 반환됩니다.길또는 열린 파일 설명자.False깨진 심볼릭 링크를 반환합니다 . 일부 플랫폼에서는 요청한 파일에 대한 실행 권한이 부여되지 않으면 경로가 실제로 존재하더라도 함수가 반환될 수 있습니다False.os.stat()
1) 귀하 *.db와 *.tis파일에 일관된 심볼릭 링크가 있는지 확인하십시오.
2) 위 파일의 읽기/실행 권한을 확인하세요.