문자별로 비교하고 싶은 두 개의 게놈 서열이 있습니다. 그것들은 거의 동일한 패턴을 가지고 있지만 일부 뉴클레오티드 전환이 발생합니다.
예를 들어
시퀀스 1
ATGGCGATGAGCAGCGGCGGCAGTGGTGGCGGCGTCCCGGAGCAGGAGGATTCCGTGCTGTTCCGGCGCGGCACAGGCCAGAGCGATGATTCTGACATTTGGGATGATACAGCACTGATAAAAGCATATGATAAAGCTGTGGCTTCATTTAAGCATGCTCTAAAGAATGGTGACATTTGTGAAACTTCGGGTAAACCAAAAACCACACCTAAAAGAAAACCTGCTAAGAAGAATAAAAGCCAAAAGAAGAATACTGCAGCTTCCTTACAACAGTGGAAAGTTGGGGACAAATGTTCTGCCATTTGGTCAGAAGACGGTTGCATTTACCCAGCTACCATTGCTTCAATTGATTTTAAGAGAGAAACCTGTGTTGTGGTTTACACTGGATATGGAAATAGAGAGGAGCAAAATCTGTCCGATCTACTTTCCCCAATCTGTGAAGTAGCTAATAATATAGAACAAAATGCTCAAGAGAATGAAAATGAAAGCCAAGTTTCAACAGATGAAAGTGAGAACTCCAGGTCTCCTGGAAATAAATCAGATAACATCAAGCCCAAATCTGCTCCATGGAACTCTTTTCTCCCTCCACCACCCCCCATGCCAGGGCCAAGACTGGGACCAGGAAAGCCAGGTCTAAAATTCAATGGCCCACCACCGCCACCGCCACCACCACCACCCCACTTACTATCATGCTGGCTGCCTCCATTTCCTTCTGGACCACCAATAATTCCCCCACCACCTCCCATATGTCCAGATTCTCTTGATGATGCTGATGCTTTGGGAAGTATGTTAATTTCATGGTACATGAGTGGCTATCATACTGGCTATTATATGGGTTTCAGACAAAATCAAAAAGAAGGAAGGTGCTCACATTCCTTAAATTAA
시퀀스 2
ATGGCGATGAGCAGCGGCGGCAGTGGTGGCGGCGTCCCGGAGCAGGAGGATTCCGTGCTGTTCCGGCGCGGCACAGGCCAGAGCGATGATTCTGACATTTGGGATGATACAGCACTGATAAAAGCATATGATAAAGCTGTGGCTTCATTTAAGCATGCTCTAAAGAATGGTGACATTTGTGAAACTTCGGGTAAACCAAAAACCACACCTAAAAGAAAACCTGCTAAGAAGAATAAAAGCCAAAAGAAGAATACTGCAGCTTCCTTACAACAGTGGAAAGTTGGGGACAAATGTTCTGCCATTTGGTCAGAAGACGGTTGCATTTACCCAGCTACCATTGCTTCAATTGATTTTAAGAGAGAAACCTGTGTTGTGGTTTACACTGGATATGGAAATAGAGAGGAGCAAAATCTGTCCGATCTACTTTCCCCAATCTGTGAAGTAGCTAATAATATAGAACAGAATGCTCAAGAGAATGAAAATGAAAGCCAAGTTTCAACAGATGAAAGTGAGAACTCCAGGTCTCCTGGAAATAAATCAGATAACATCAAGCCCAAATCTGCTCCATGGAACTCTTTTCTCCCTCCACCACCCCCCATGCCAGGGCCAAGACTGGGACCAGGAAAGCCAGGTCTAAAATTCAATGGCCCACCACCGCCACCGCCACCACCACCACCCCACTTACTATCATGCTGGCTGCCTCCATTTCCTTCTGGACCACCAATAATTCCCCCACCACCTCCCATATGTCCAGATTCTCTTGATGATGCTGATGCTTTGGGAAGTATGTTAATTTCATGGTACATGAGTGGCTATCATACTGGCTATTATATGGAAATGCTGGCATAG
시퀀스와 색상을 비교하거나 차이점을 인쇄하는 bash 방법이 있습니까?
편집: Linux 도구를 통해 유전자 서열을 비교하고 싶습니다.
문자를 한 줄씩 비교하고 차이점을 강조해야 합니다. diff수백 개의 글자로 구성된 개별 단어를 비교하는 것은 좋지 않은 것 같습니다 .
답변1
각 줄을 별도의 파일로 저장할 수 있습니다.
f1 - 첫 번째 게놈 서열 f2 - 두 번째 게놈 서열
이제 선을 (가로에서 세로로) 변환해야 합니다.
awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' < f1 >f1a
awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' < f2 >f2a
이렇게 하면 새 형식이 2개의 새 파일( f1a 및 f2a )에 저장됩니다. 이제 이 2개의 파일을 다음과 결합합니다.diff
diff -y f1a f2a #will output both lines and show differences
diff -c f1a f2a #will only output the differences and tell you from which line to which line
차이점에 대한 추가 정보:http://man7.org/linux/man-pages/man1/diff.1.html
위의 내용은 2개의 게놈 서열을 변수로 전달할 수 있는 작은 스크립트로 만들 수도 있습니다.
컬러 출력을 원하면 colordiff(Ubuntu에서 sudo apt-get install colordiff:)를 사용하고 아래 스크립트에서 로 바꾸십시오 diff. colordiff병렬 출력의 경우 옵션을 사용하십시오 -y.
#!/bin/bash
# This script will compare the 2 genomic sequences
echo "1st genomic sequence, followed by [ENTER]:"
read gena
echo "2nd genomic sequence, followed by [ENTER]:"
read genb
echo $gena | awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' > /tmp/fa
echo $genb | awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' > /tmp/fb
echo "Insert the diff argument you wish to use (e.g. -y or -c). Please refer to man diff for information. Hit [ENTER]:"
read $arg
diff $arg /tmp/fa /tmp/fb
exit