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프로그램 설치: Csh에서 Bash로

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프로그램 설치: Csh에서 Bash로

xscore v1.3을 설치하려고 합니다(X-점수 핸드북). C-셸 아래의 .cshrc 파일에 일부 환경 변수를 설정하기 위한 지침을 제공합니다.

    setenv XTOOL_HOME   the_installation_directory_of_X-Score
    setenv XTOOL_PARAMETER  $XTOOL_HOME/parameter
    setenv XTOOL_BIN  $XTOOL_HOME/bin
    set path = ($path  $XTOOL_BIN)

If you are using other types of shell, please add the equivalent contents to your configuration file.

저는 Bash를 사용하고 있기 때문에 그들이 제안한 것과 동일한 명령을 사용하여 .profile 파일을 수정해 보았습니다.

# set PATH so it includes user's private bin directories
XTOOL_HOME=/home/marta/Peptide/oficial-MC/sf/xscore_v1.3
XTOOL_PARAMETER=$XTOOL_HOME/parameter
XTOOL_BIN=$XTOOL_HOME/bin

PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH:$HOME/Programs/VMD/:$PATH:$XTOOL_HOME:$PATH:$XTOOL_PARAMETER:$PATH:$XTOOL_BIN"

그러나 프로그램을 실행하면 다음과 같은 오류가 발생합니다.

marta@dagon:~$ xscore -fixpdb HER21.pdb try.pdb

X-Score starts to run ... Wed Sep 26 09:26:29 2018

Warning: XSCORE_PARAMETER is not set ... use default setting

Error: cannot open the file ../parameter/RESIDUE_DEF_XTOOL Please make sure it exists.

폴더는 파일과 마찬가지로 존재하지만 프로그램이 해당 파일을 찾을 수 없는 것 같습니다. 환경변수 설정에 문제가 있는지는 모르겠습니다.

답변1

환경 변수를 설정하려면 쉘 변수와 it 모두에 값을 할당해야 합니다 export. 이 작업은 한 번에 완료될 수 있습니다.

export variable=value

아니면 두 단계로

variable=value
export variable

귀하의 경우:

XTOOL_HOME=/home/marta/Peptide/oficial-MC/sf/xscore_v1.3
XTOOL_PARAMETER="$XTOOL_HOME/parameter"
XTOOL_BIN="$XTOOL_HOME/bin"

export XTOOL_HOME XTOOL_PARAMETER XTOOL_BIN

PATH="$PATH:$XTOOL_BIN"

설정에 주의를 기울이십시오 PATH. 코드에 불필요하게 이전 값이 포함되어 있습니다.PATH 4개이류. 제안된 csh코드는 위에 복사되어 있습니다.

또한 오류 메시지에 언급되어 있지만 XSCORE_PARAMETER그것이 무엇인지 잘 모르겠습니다. 위에서 언급한 하나 이상의 환경 변수를 기반으로 프로그램이 (자동으로) 설정하거나 매뉴얼에 언급되지 않은 항목으로 수동으로 설정해야 하는 것입니다.

댓글에 따르면, 이는 실제로 매뉴얼의 오타일 수 있으며 다양한 XTOOL변수에는 실제로 XSCORE대신 문자열이 접두사로 붙어야 합니다 XTOOL.

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