설치하고 싶어요아나치RHEL 6에서. Python 2.7.7이 설치되어 있습니다. 홈페이지에서 읽을 수 있듯이 ANARCI에는 Python 2.6+ 및 HMMER3이 필요합니다. anarci tar.gz를 다운로드하고 압축을 풀었습니다. 설치하다
python setup.py install --prefix=/tmp/anarci
그런데 실행해보니 /tmp/anarci/bin/ANARCI -hANAARCI라는 모듈이 없다고 나옵니다.
이 경우 HMMER 종속성을 지정하는 방법입니다. ANARCI를 설치하는 방법은 무엇입니까?
답변1
답장을 보내 주셔서 감사합니다. 귀하의 제안이 저에게 효과적이었습니다. 변경된 유일한 점은 Python 이후 사이트 패키지를 PYTHONPATH에 추가해야 한다는 것입니다.
따라서 PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH를 내보내면 작업이 완료되었습니다.
2017년 5월 29일 월요일 오후 6시 53분 Dunbar에서 James는 다음과 같이 썼습니다. 안녕하세요 Prashant,
응답이 느려서 사과드립니다.
anarci Python 모듈은 PYTHONPATH 환경 변수에 있어야 하고 hmmscan 바이너리(hmmer3의)가 PATH에 있어야 합니다.
예를 들어 먼저 bash 셸을 사용하여 다음을 실행합니다.
내보내기 PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH 내보내기 경로=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH
그런 다음: /tmp/anarci/bin/ANARCI
도움이 되길 바랍니다. 추가 질문이 있으면 알려주시기 바랍니다.
최고야, 제임스
2017년 5월 29일 15:13에 James Dunbar는 다음과 같이 썼습니다.
---------- 전달된 메시지 ---------- 보낸 사람: Prashant Shete <[이메일 보호됨]> 일시 : 2017년 5월 22일 20:18 제목 : 항체번호 - ANARCI 설치 대상 :[이메일 보호됨]
안녕하세요 제임스,
ANAARCI 설치를 시도했습니다.http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php
말했듯이 Python 2.6+ 및 HMMER3이 필요합니다. anarci tar.gz를 다운로드하고 압축을 푼 다음 RHEL 6 시스템에서 python setup.py install --prefix=/tmp/anarci를 실행했습니다.
또한 HMMER-3.1을 다운로드하고 make를 완료한 후 접두사 /tmp/HMMER-3.1을 사용하여 설치했습니다.
하지만 /tmp/anarci/bin/ANARCI를 실행하면 anarci라는 모듈이 없다고 나옵니다. HMMER 종속성을 지정하지 않았기 때문인가요? 그렇다면 어떻게 해야 합니까?