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해당 열의 각 값에 대해 행을 반복하는 방법

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해당 열의 각 값에 대해 행을 반복하는 방법

모든 해당 값에 대해 행을 반복하고 싶습니다. 어떤 도움이라도

내 입력 파일은 다음과 같습니다

    pos     COL1  COL2  COL3
    18691441    C   A   G
    18691572    G   C   G
    18691620    A   T   G
    18691716    C   G   C

나는 이런 출력을 원한다

pos COL1    
18691441    COL1 C  
18691441    COL2 A  
18691441    COL3 G  
18691572    COL1 G  
18691572    COL2 C  
18691572    COL3 G  
18691620    COL1 A  
18691620    COL2 T  
18691620    COL3 G  
18691716    COL1 C  
18691716    COL2 G  
18691716    COL3 C

행을 반복하려고 하는데 계속 반복됩니다.

while read line; do for i in {1..3}; do echo "$line"; done; done < real2.txt

출력을 제공합니다.

pos       COL1 COL2 COL3
18691441    C   A   G
18691441    C   A   G
18691441    C   A   G
18691572    G   C   G
18691572    G   C   G
18691572    G   C   G
18691620    A   T   G
18691620    A   T   G
18691620    A   T   G
18691716    C   G   C
18691716    C   G   C
18691716    C   G   C

그런 다음 입력된 1.txt 파일에서 pos를 추출하여 1_pos.txt를 만들고 다음과 같이 작성했습니다.

     pos
    18691441
    18691572
    18691620
    18691716
    for i in `cat 1_post.txt`;
    do
   x=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL1""\t"$2}' ) ;
   y=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL2""\t"$3}' ) ;
   z=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL3""\t"$4}' ) ;

    echo -e "$x""\n""$y""\n""$z";
    done

이렇게 하면 열 정보가 포함된 출력이 제공되지만 3개가 아닌 405개의 열이 있는 경우 각 열에 대해 행을 405번 반복하고 싶지 않아 루프에 넣으려고 했지만 작동하지 않습니다.

18691441    COL1    C
18691441    COL2    A
18691441    COL3    G
18691572    COL1    G
18691572    COL2    C
18691572    COL3    G
18691620    COL1    A
18691620    COL2    T
18691620    COL3    G
18691716    COL1    C
18691716    COL2    G
18691716    COL3    C

답변1

어때요?

while read line col1 col2 col3; 
do 
    if [[ "$line" = "pos" ]]; then
        echo "pos COL"
        continue    
    fi
    echo "$line COL1 $col1"  
    echo "$line COL2 $col2"  
    echo "$line COL3 $col3"  
done < real2.txt

산출:

pos COL
18691441 COL1 C
18691441 COL2 A
18691441 COL3 G
18691572 COL1 G
18691572 COL2 C
18691572 COL3 G
18691620 COL1 A
18691620 COL2 T
18691620 COL3 G
18691716 COL1 C
18691716 COL2 G
18691716 COL3 C

답변2

앗방법:

awk 'BEGIN{OFS="\t";print "pos" OFS "COL1"}{if(NR==1){for(f=2;f<=NF;f++) c[f]=$f;}
     else{for(i=2;i<=NF;i++) print $1,c[i],$i}}' real2.txt

산출:

pos     COL1
18691441        COL1    C
18691441        COL2    A
18691441        COL3    G
18691572        COL1    G
18691572        COL2    C
18691572        COL3    G
18691620        COL1    A
18691620        COL2    T
18691620        COL3    G
18691716        COL1    C
18691716        COL2    G
18691716        COL3    C

OFS="\t"- 출력 필드 구분 기호

print "pos" OFS "COL1"- 인쇄머리글철사

if(NR==1){for(f=2;f<=NF;f++) c[f]=$f;- 첫 번째 행/헤더 행에서 열 이름 수집

for(i=2;i<=NF;i++) print $1, c[i], $iCOL...pos- 해당 열 값과 해당 열 이름을 기준으로 각 열( ) 값을 "행 단위"로 인쇄합니다 .

답변3

텍스트를 처리하기 위해 쉘 루프를 사용하지 마십시오.

이것은 awk작업에 적합한 도구입니다. 하지만 한 번만 호출하면 됩니다.

awk -v OFS='\t' '
  NR == 1 {print $1, "name", "value"; split($0, header); next}
  {for (i = 2; i < NF; i++) print $1, header[i], $i}' < your-file

(변형로마인의 대답)

답변4

while IFS= read -r l; do
   read -r -a A <<<"$l"
   case $l in
      'pos'[\ \   ]* )
         echo "${A[@]:0:2}"
         C=("${A[@]:1}")
         ;;

      * )
         p=0 x=${A[0]}
         for e in "${A[@]:1}"; do
            echo "$x ${C[$p]} $e"
            ((p++))
         done
         ;;
   esac
done < yourfile


sed -E '
   /\n/bloop

   y/\t/ /;s/  +/ /g;s/^ +//;s/ +$//

   1{
      h
         s/ /\n/2
      x
         s/ /\n/;s/.*\n//
      x
         s/\n.*//
      b
   }

   G;s/\n/ &/

   :loop
      #  1     2     3   4   5
      s/^(\S+ )(\S+) (.*)(\n)(\S+) ?/\1\5 \2\4\1\3\4/
      /\n$/{
         /\n.*\n/!d
      }
       P
      /\n.*\n/D
   tloop

' yourfile

결과

pos COL1
18691441 COL1 C
18691441 COL2 A
18691441 COL3 G
18691572 COL1 G
18691572 COL2 C
18691572 COL3 G
18691620 COL1 A
18691620 COL2 T
18691620 COL3 G
18691716 COL1 C
18691716 COL2 G
18691716 COL3 C

설명하다

  • 먼저 나머지 모든 탭을 공백으로 변환한 다음 여러 공백을 압축하고 마지막으로 모든 선행/후행 공백을 잘라냅니다.
  • 첫 번째 줄에 대해 특별한 처리를 수행합니다.
    • a) 라인을 복사합니다.
    • b) 나중에 사용할 수 있도록 두 번째 열의 끝을 표시합니다.
    • c) 이 표시된 행을 예약된 공간에 저장된 복사본으로 바꿉니다.
    • d) 첫 번째 열을 제거하고 cols1,2의 & 표시를 복원합니다.
  • 다른 모든 행(2~eof)의 경우 열 이름을 행에 추가합니다.
  • do-while그런 다음 반복할 때마다 표시된 방식으로 필드를 다시 정렬하여 열 이름과 해당 값이 인쇄되도록 하는 루프를 설정합니다 . 줄의 끝이 보이고 그 줄에 남은 유일한 문자가 보이면 멈춥니다 \n. \n그렇지 않으면 앞부분을 잘라내고 루프의 시작 부분으로 다시 분기합니다.

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